R下载安装WGCNA

记录并总结自己学习过程遇到的问题

刚开始学习WGCNA 在学习了相关的原理之后 想要按照官网的教程走一边 理解其中的代码

一    刚开始就遇到了这样的问题，没办法下载WGCNA包

Error: package or namespace load failed for ‘WGCNA’ in loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]):
 不存在叫‘GO.db’这个名字的程辑包

然后我尝试下载这个包 包括在BiocManager的网站上和install.packages 以及BiocManager::install

然后继续运行后面的代码出现了这样的报错

Error in goodSamplesGenes(datExpr0, verbose = 3) : 
  could not find function "goodSamplesGenes"

然后在老师帮助下开始尝试BiocManager::install("Biobase")

出现 Old packages: 'Rcpp' 这就是问题所在，出现之前的报错很可能都是因为需要一个新的rcpp包

当时还没有发现问题的根源于是有了下面的代码

library(Biobase)

BiocManager::install("GO.db")

出现这样的报错

不存在叫'GenomeInfoDbData'这个名字的程辑包
停止执行
ERROR: lazy loading failed for package 'GO.db'
* removing 'C:/Users/15318/Documents/R/win-library/4.1/GO.db'

installation of package ‘GO.db’