Gaussion入门学习笔记(1.软件界面介绍)

写在前面，这是我第一次进行Guassion的学习，并po出我的学习笔记，如有错误，欢迎指正。

Guassion，量子化学计算程序

Gaussview与Gussion套的软件。

用途：1.构建高斯的输入文件；2.以图的形式显示高斯计算的结果

用Guassview画出结构分子式，用Guassion来进行优化，将优化后的文件再次通过Guassview来打开，得到优化后模型，看前后差异

Gaussview打开，可以看到有两个窗口，上边的窗口可以理解为选择功能窗口，下方紫色窗口，可以理解为画板，用以构建分子结构。

接下来看选择功能窗口常见的按钮

先看File，主要功能就是新建，打开或者保存，Save Image File可以将当前的文件保存为图片的格式，preference，改变默认各显示设置

Edit，可用于完成对分子的剪切，拷贝，删除，抓图等，symmetrize用于进行对称性的控制

Tools中Atomlist中可以显示当前分子的内坐标，笛卡尔坐标，分数坐标等。PointGroup,显示当前分子的点群以及可能有的点群。PBC可以用来显示一些晶体文件。MOs可以用来显示分子的轨道。

view中均与分子显示有关

Calculate，可以通过Guassview直接向guassion提交计算任务，这是她作为guassion软件配套功能的最最重要的体现

接下来是Results，在这里可以显示出计算的结果吗，电荷，静电势，振动频率，hz，势能面的扫描优化等等，且这些结果只可以用检查check  point格式的文件才可以显示

接下来介绍下面图标

第一个图标点开后，会出现如下元素周期表窗口，并可以选择元素形态

第二个是个苯环样子的图标，双击后可找到常见的有机分子

第三个图标可以看到常见的关能团，可以方便我们进行构图

下面一个涉及生物性功能

接下来这三个就是分别做键长，键角，二面角的改变

接下来进行一个简单的操作：构建对氟苯乙烷分子

【补充鼠标操作，单击左，右键，实现分子转动；滚轮上下，实现放大缩小；鼠标中键滚轮按压，实现分子的移动，再构建一个分子，通过左键，发现是整体的旋转，若实现单个分子，通过空格左侧alt，按住之后，选择分子，再进行操作】

首先点击常见有机分子，选择苯环，在画布上单击，之后选择氟元素，点击苯环上氢对齐进行取代，注意此时改变只是元素符号的改变，键长仍是 碳氢键的距离，故用键长工具进行调整，选择键长工具，点击两个原子，会出现下图面板

通过面板，实现键长调整结果如下

之后通过常见关能团中选择乙烷，并调整到相对位置

接下里进行连接，首先将苯环和乙烷上的碳氢键进行消除，通过view打开builder面板

选择键长工具，选择原子，之后选择none，单击ok，键长消失

之后点击这个键，消除不需要原子，结果如下

之后通过键长工具，选择两个碳，将苯分子和乙烷相连。选择单键调整键长点击ok

即构建好了对氟苯乙烷分子，分子构建好之后，通过Gaussview查看分子的对称性与坐标，查看方式，点击

出现的即为对氟苯乙烷分子坐标

这一块是分子的内坐标

这一块表示直角坐标

如果只想看直接坐标点击Z，只想看内坐标点击C

对于对称性的查看，选择Edit中的Symmetrize即可查看