水中的溶菌酶 第一步：准备拓扑

原始文档来自GROMACS官方教程2018，由Mornight黎英（B站用户名：蓝灵是能鸽善鹉的鸭）翻译

我发誓这真的是人工翻译的，虽然看上去很机翻（抓脸）水平很差，各位见谅

GROMACS基础

从GROMACS 5.0版本开始，所有工具都作为必要模块包含在gmx程序内，这与之前的版本不同。在以前的版本中，每个工具由各自的命令单独调用。这种做法在5.0版本中仍然可以借助符号链接来生效，但未来的版本将不再支持，所以最好要习惯新的做法。想要获取任何GROMACS模块的帮助信息，你可以用以下任意一个命令来调用：

gmx help (module)

【译者注：例：gmx help pdb2gmx】

或

gmx (module) -h

【译者注：例：gmx pdb2gmx -h】

将(module)替换为你想查询的命令即可，相关信息将输出至终端，其中包括可用的算法、选项、需要的文件格式, 已知的缺陷和限制等。对GROMACS的新用户来说，查看常用命令的帮助信息是了解每个命令功能的好方法。现在，开始有趣的部分吧！

溶菌酶教程

我们必须先下载要处理的蛋白质晶体结构文件。在这个教程中，我们将使用鸡蛋清溶菌酶（PDB代码 1AKI）。进入RCSB网站，下载晶体结构的PDB文本。【译者注：Linux下载后面带（gz）的，Windows下载后面不带（gz）的；对于同源多聚体蛋白，注意下载Biological Assembly以获得多聚体结构。如果PDB的Biological Assmebly仍是单体，请下载CIF格式】

下载好结构之后，你就能通过可视化软件（如VMD，Chimera，PyMOL等）来可视化查看了。查看这个分子后，你要把它晶体结构里的水（PDB文件中的残基“HOH”）去除。去除水时可以使用简单文本编辑器ei、emacs之类（Linux/Mac），或Notepad（Windows）【译者注：Windows最推荐用Visual Studio Code】。不要使用文档处理软件！【译者注：这是因为文档处理软件（word、WPS之类）会在字符后添加额外的内容，不在文档中显示，但在代码里存在】或者，你可以用grep非常方便地删除这些行：

grep -v HOH 1aki.pdb > 1AKI_clean.pdb

【译者注：grep仅适用于Linux、Mac终端，在Win下还是直接用VScode打开手动删除HOH的行】

要注意的是，这个处理并不是普遍适用的（例如，紧密结合或功能活性位点中的水分子）。对于当前目标，我们不需要结晶水。

经常检查PDB文件中MISSING注释下所列的信息，这些条目指示了晶体结构中不存在的原子或氨基酸残基。末端可能缺失，且在模拟中可能不会引起问题。但不完整的内部序列或任何氨基酸残基原子的缺失都将导致pdb2gmx运行失败。这些缺失的原子/残基必须用其他软件建模来补充完整【译者注：缺失原子可以用SPDBV填补，缺失残基如果无法用同源模建补全，就直接用SPDBV给蛋白封端，即添加C端氧原子，将末端补充完整】。并且，请注意pdb2gmx不是万能的，不是所有分子的拓扑都能用它生成，只有力场（在.rtp文件中，通常是蛋白，核酸和一些非常有限的辅因子，如NAD(H)和ATP）中已经定义的残基才能用pdb2gmx自动生成。

现在，晶体水都已去除，我们也已确认过所有必要原子都存在，PDB文件只包含蛋白质分子，即将进入GROMACS的第一个模块——pdb2gmx。使用这个模块的目的是生成三个文件：

1.分子拓扑

2.位置限制文件

3.处理后的结构文件

拓扑文件（默认topol.top）包含所有在模拟中定义分子所必需的信息。这个信息包括非键参数（原子类型、电荷）和键参数（键，角与二面角）。在拓扑文件生成后，我们将更加细致地查看它。

通过以下命令执行pdb2gmx：

gmx pdb2gmx -f 1AKI_clean.pdb -o 1AKI_processed.gro -water spce

【译者注：-f -o -water为pdb2gmx的选项。-f 为输入结构文件，-o为输出结构文件，-water为选择的水模型。命令中本来应该有-p 生成拓扑文件和-r 生成位置限制文件，但本教程中使用默认设置，于是没有在命令行选项里写明。如果需要自定义生成的拓扑文件和位置限制文件的文件名，请使用-p -r。-water其实也不是一定要在命令行中写明的选项，因为如果不写，gromacs会在终端提示询问你想要选择的水模型是什么，此时也可以输入选择的水模型。】

【译者注：关于水模型：gromacs自带的有SPC（简单点电荷模型，spc），SPC/E（扩展的简单点电荷模型，spce），TIP3P（三点水模型，tip3p），TIP4P（四点水模型，tip4p），TIP5P（五点水模型，tip5p）。关于这几个模型的简单介绍请关注我在b站的视频：BV18M411k7SA】

pdb2gmx将处理结构，并提示你选择一个力场：

Select the Force Field:
From '/usr/local/gromacs/share/gromacs/top':
 1: AMBER03 protein, nucleic AMBER94 (Duan et al., J. Comp. Chem. 24, 1999-2012, 2003)
 2: AMBER94 force field (Cornell et al., JACS 117, 5179-5197, 1995)
 3: AMBER96 protein, nucleic AMBER94 (Kollman et al., Acc. Chem. Res. 29, 461-469, 1996)
 4: AMBER99 protein, nucleic AMBER94 (Wang et al., J. Comp. Chem. 21, 1049-1074, 2000)
 5: AMBER99SB protein, nucleic AMBER94 (Hornak et al., Proteins 65, 712-725, 2006)
 6: AMBER99SB-ILDN protein, nucleic AMBER94 (Lindorff-Larsen et al., Proteins 78, 1950-58, 2010)
 7: AMBERGS force field (Garcia & Sanbonmatsu, PNAS 99, 2782-2787, 2002)
 8: CHARMM27 all-atom force field (CHARM22 plus CMAP for proteins)
 9: GROMOS96 43a1 force field
10: GROMOS96 43a2 force field (improved alkane dihedrals)
11: GROMOS96 45a3 force field (Schuler JCC 2001 22 1205)
12: GROMOS96 53a5 force field (JCC 2004 vol 25 pag 1656)
13: GROMOS96 53a6 force field (JCC 2004 vol 25 pag 1656)
14: GROMOS96 54a7 force field (Eur. Biophys. J. (2011), 40,, 843-856, DOI: 10.1007/s00249-011-0700-9)
15: OPLS-AA/L all-atom force field (2001 aminoacid dihedrals)

力场决定着将被写入拓扑文件的信息，所以这是个非常重要的选择！你必须浏览每个力场，决定哪个最适于当前体系。在本教程中，我们将使用全原子力场OPLS-AA。在终端输入15，然后敲回车。

【译者注：我很不喜欢OPLS-AA！！！我也一点都不推荐你们用这个力场！！！这个力场在后面参数设置里有很多和别的力场不一样的地方，而且使用范围很有限！我最推荐使用的是AMBER，大家如果有需要模拟体系里存在有机小分子配体的，用AMBER就对了。官方教程也有很多坑人的地方，大家一定要擦亮眼睛小心上当！！】

pdb2gmx还有很多其他选项，一些常用的列举如下：

-ignh：忽略PDB文件中的H原子；特别适用NMR解析的结构。否则，如果H原子存在，他们必须被命名为GROMACS力场中对应的名称【译者注：如：HA，HB1，HB2。这种方法太麻烦，所以各位蛋白里如果有H，一定要加-ignh。后面不用写任何选项。】。由于对氢原子存在许多不同的约法，所以处理起来非常头痛！如果你需要保留原始结构中H原子的坐标，但又需要将所有H重命名，那么Linux sed命令会是一个好帮手【意思是在Windows处理的话就别想着这个了】。

-ter：交互式指定N-末端和C-末端的电荷状态

-inter：交互式指定Glu，Asp，Lys，Arg，His的电荷状态；选择包含在二硫键中的Cys

现在，你已经生成了三个新文件： 1AKI_processed.gro, topol.top和posre.itp。1AKI_processed.gro是一个GROMACS格式的结构文件，包含所有在力场中定义的原子（例如，H原子已添加到蛋白质的氨基酸残基上）。topol.top文件是系统拓扑文件（稍后会作解释）。posre.itp文件包含限制重原子位置的信息（以后会做解释）。【译者注：我现在就要解释。.top和.itp本质上是同一种文件，它们的内容规则是完全一样的，只不过.top作为总拓扑文件，而.itp作为总文件的一个部分】

最后一个注意事项：很多用户认为只能使用.gro文件。这是不对的。GROMACS可以处理很多不同格式的文件，而.gro只是命令默认输出匹配拓扑的文件。这种格式十分紧凑，但精度有限，如果你更愿意使用PDB之类的格式，只需要指定合适的文件名，然后以.pdb作为扩展名输出。pdb2gmx的目的主要是生成力场对应的拓扑；输出的结构文件只不过是这个处理过程的副产品，其实也就是为了方便用户。格式可以任意选择（查看GROMACS手册以了解不同格式）。