LeDock系列分子对接软件使用方法【Usage】记录一：LeDock

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*       LeDock v1.0                                        *
*       Molecular Docking Software                         *
*       Copyright 2013-21 (C) H. Zhao PhD                  *
*       For academic use only                              *
*       www.lephar.com                                     *
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--------Usage:
--------ledock config.file    !docking
--------ledock -spli dok.file !split into separate coordinates

config.file即配置文件，文件名为dock.in，一般由前置受体处理软件LePro处理得出，也可以手动编写。一般形式如下：

Receptor
pro.pdb

RMSD
1.0

Binding pocket
x_min x_max
y_min y_max
z_min z_max

Number of binding poses
20

Ligands list
ligand_list.txt

END

Receptor: 受体（已处理成含氢、无水、无配体状态）

Binding pocket: 对接口袋，六个数字分别代表口袋xyz三个方向上的最小值与最大值。这个参数可以与Autodock Vina的口袋通用。

Autodock Vina的口袋描述如下：

x_center
y_center
z_center

x_size
y_size
z_size

如果你需要用到Vina，又苦于AutodockTools在win下太不稳定，只需要做三对很简单的方程就可以从LePro的口袋转换到Vina的口袋。假设x_center = a , x_size = b * 2 , 则有

a - b = x_min

a + b = x_max

以此类推。

LeDock对接命令：

ledock dock.in

LeDock分解对接输出文件：

ledock -spli lig.dok

如有其他分解需求，请参考LeFrag

Windows版本的LeDock与LePro合并，无LeFrag、LeWater和其他附加模块，将作单独一讲。