AutoDock Vina批量对接结果批处理脚本(bash)

#!/bin/bash

# 本脚本设计适用于AutoDock Vina输出的.log对接结果文件,可对同一目录下所有文件的文件名及打分集中写入一个新文件。如有应用于其他批处理需求,请参照下方注释修改代码以适应。

# 此段落为注释部分,详解以下所有命令
# sed -n "2,2p" FILENAME ; 提取FILENAME文件的第二行
# awk '{print $4}' FILENAME ; 打印FILENAME文件的第四列
# for循环语句,设置变量为i,代表当前目录下所有符合条件的文件(名)
# echo 打印
# > 重定向(复写)到某文件
# >> 重定向(不复写,续写文件)到某文件

# 以下为代码

for i in NONAME*.log
do
  echo "$i" >> result2.log
  sed -n "2,2p" $i > $iresult.log
  awk '{print $4}' $iresult.log >> result2.log
done

目前仅支持输出文件名+打分,其他功能正在开发中(超龟速)

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Autodock Vina 是一款常用的分子对接软件,可以用于计算分子间的相互作用力和能量,从而预测小分子与靶标蛋白的结合方式和亲和力。下面是使用 Autodock Vina 进行批量对接的步骤: 1. 准备数据:需要有待对接的小分子和靶标蛋白的pdb文件,以及Autodock Vina的执行文件和配置文件。 2. 准备目录:在一个新的工作目录下,新建三个文件夹,分别为 ligands、receptor 和 output,将待对接的小分子文件放在 ligands 目录下,将靶标蛋白文件放在 receptor 目录下。 3. 编写配置文件:新建一个名为 config.txt 的文本文件,写入以下内容: ``` receptor = receptor/your_protein.pdbqt center_x = 0.00 center_y = 0.00 center_z = 0.00 size_x = 20.00 size_y = 20.00 size_z = 20.00 out = output/your_output_file.pdbqt ``` 其中,your_protein.pdbqt 为靶标蛋白的pdbqt文件名,your_output_file.pdbqt 为输出文件名。 4. 执行批量对接:在命令行窗口中切换到工作目录下,输入以下命令进行批量对接: ``` for ligand in ligands/*.pdbqt do echo Processing $ligand ./vina --config config.txt --ligand $ligand done ``` 其中,ligands/*.pdbqt 表示对 ligands 目录下的所有小分子文件进行对接。 5. 查看结果:对接完成后,在 output 目录下可以找到生成的 pdbqt 文件,用分子可视化软件打开即可查看对接结果。 需要注意的是,Autodock Vina 对接的结果并不一定是最优解,需要结合实验结果和其他计算方法进行验证和分析。

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