LeDock系列软件安装方法（Linux）

最新推荐文章于 2024-03-03 23:27:13 发布

Mornight_黎英

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本文链接：https://blog.csdn.net/m0_67843839/article/details/126775115

版权

利用wget命令可直接在bash下载：

wget http://www.lephar.com/download/ledock_linux_x86
wget http://www.lephar.com/download/lepro_linux_x86
wget http://www.lephar.com/download/lewater_linux_x86
wget http://www.lephar.com/download/lefrag_linux_x86

如果不需要用到显水模型对接可以暂时不安装LeWater。

其实这个时候你就已经可以使用了，因为下载到的其实正是完整的软件，并不是安装包。不过不能直接在bash运行，得先赋权。Linux系统下载的任何软件，都需要赋权之后才可以运行。

以LeDock为例：

chmod 777 ledock_linux_x86
./ledock_linux_x86

第一行chmod 777就是赋权命令，赋权之后就可以运行软件了（./即bash中的“运行”，后面直接输入运行的软件名就可以了）。

但是我很懒。我希望我打的字少一些，而且看别人在bash输入ledock就可以直接唤醒软件，这操作不是更顺畅吗？于是把它们分别移入用户bin目录：

sudo mv ledock_linux_x86 /usr/bin/ledock
sudo chmod +x /usr/bin/ledock

sudo mv lepro_linux_x86 /usr/bin/lepro
chmod +x /usr/bin/lepro

sudo mv lewater_linux_x86 /usr/bin/lewater
chmod +x /usr/bin/lewater

sudo mv lefrag_linux_x86 /usr/bin/lefrag
chmod +x /usr/bin/lefrag

要注意的是，sudo命令需要你输入根目录密码。在输入Linux根目录密码的时候不管你输入什么，光标都不会移动，这是正常的。你确实有在输入东西，只是没有任何显示而已，只要输入得正确然后敲回车就可以了。

现在所有软件和快捷命令都已经安装完毕。直接在bash输入ledock，你就会看到下列信息：

************************************************************
*       LeDock v1.0                                        *
*       Molecular Docking Software                         *
*       Copyright 2013-21 (C) H. Zhao PhD                  *
*       For academic use only                              *
*       www.lephar.com                                     *
************************************************************
--------Usage:
--------ledock config.file    !docking
--------ledock -spli dok.file !split into separate coordinates

这说明LeDock已经安装成功，直接按照Usage所描述的使用就可以了。

************************************************************
*      LePro                                               *
*            Add hydrogen atoms to a protein &             *
*            write the input file for LeDock               *
*      Copyright (C) 2013-21 Hongtao Zhao, PhD             *
*      Email: htzhaovv@gmail.com                           *
************************************************************
----------Usage:
          lepro [PDB file] [-rot || -metal || -p]
          -rot  [[chain] resid] align principal axes of the binding site with Cartesian
          -metal keep ZN/MN/CA/MG
          -metal -p redistribute metal charge to protein

**************************************************************
*   LeWater v1.0                                             *
*   Hydrogen Bonding Penalty at the Protein-Ligand Interface *
*   Copyright (C) 2013-21 H. Zhao                            *
*   www.lephar.com                                           *
**************************************************************
--------Usage:
--------lewater input protein ligand.list
--------lewater input protein ligand -omap

************************************************************
*      LeFrag v1.0                                         *
*      In Silico Fragment-Based Drug Discovery Tool        *
*      Copyright (C) 2013-21 H. Zhao                       *
*      www.lephar.com                                      *
************************************************************
-------Usage: lefrag [options] [Library] [mol2]-------------
 options: -flib  Fragments Library Generation
          -subs  Substructure Search by the Generated Frag
          -anal  Library Analysis
          -phar  Pharmacophore Tailoring
          -simi  [mol2] Similarity Analysis for Scaffold Hopping
          -spli  Split Library into Single Molecule File
------------------------------------------------------------