利用wget命令可直接在bash下载:
wget http://www.lephar.com/download/ledock_linux_x86
wget http://www.lephar.com/download/lepro_linux_x86
wget http://www.lephar.com/download/lewater_linux_x86
wget http://www.lephar.com/download/lefrag_linux_x86
如果不需要用到显水模型对接可以暂时不安装LeWater。
其实这个时候你就已经可以使用了,因为下载到的其实正是完整的软件,并不是安装包。不过不能直接在bash运行,得先赋权。Linux系统下载的任何软件,都需要赋权之后才可以运行。
以LeDock为例:
chmod 777 ledock_linux_x86
./ledock_linux_x86
第一行chmod 777就是赋权命令,赋权之后就可以运行软件了(./即bash中的“运行”,后面直接输入运行的软件名就可以了)。
但是我很懒。我希望我打的字少一些,而且看别人在bash输入ledock就可以直接唤醒软件,这操作不是更顺畅吗?于是把它们分别移入用户bin目录:
sudo mv ledock_linux_x86 /usr/bin/ledock
sudo chmod +x /usr/bin/ledock
sudo mv lepro_linux_x86 /usr/bin/lepro
chmod +x /usr/bin/lepro
sudo mv lewater_linux_x86 /usr/bin/lewater
chmod +x /usr/bin/lewater
sudo mv lefrag_linux_x86 /usr/bin/lefrag
chmod +x /usr/bin/lefrag
要注意的是,sudo命令需要你输入根目录密码。在输入Linux根目录密码的时候不管你输入什么,光标都不会移动,这是正常的。你确实有在输入东西,只是没有任何显示而已,只要输入得正确然后敲回车就可以了。
现在所有软件和快捷命令都已经安装完毕。直接在bash输入ledock,你就会看到下列信息:
************************************************************
* LeDock v1.0 *
* Molecular Docking Software *
* Copyright 2013-21 (C) H. Zhao PhD *
* For academic use only *
* www.lephar.com *
************************************************************
--------Usage:
--------ledock config.file !docking
--------ledock -spli dok.file !split into separate coordinates
这说明LeDock已经安装成功,直接按照Usage所描述的使用就可以了。
************************************************************
* LePro *
* Add hydrogen atoms to a protein & *
* write the input file for LeDock *
* Copyright (C) 2013-21 Hongtao Zhao, PhD *
* Email: htzhaovv@gmail.com *
************************************************************
----------Usage:
lepro [PDB file] [-rot || -metal || -p]
-rot [[chain] resid] align principal axes of the binding site with Cartesian
-metal keep ZN/MN/CA/MG
-metal -p redistribute metal charge to protein
**************************************************************
* LeWater v1.0 *
* Hydrogen Bonding Penalty at the Protein-Ligand Interface *
* Copyright (C) 2013-21 H. Zhao *
* www.lephar.com *
**************************************************************
--------Usage:
--------lewater input protein ligand.list
--------lewater input protein ligand -omap
************************************************************
* LeFrag v1.0 *
* In Silico Fragment-Based Drug Discovery Tool *
* Copyright (C) 2013-21 H. Zhao *
* www.lephar.com *
************************************************************
-------Usage: lefrag [options] [Library] [mol2]-------------
options: -flib Fragments Library Generation
-subs Substructure Search by the Generated Frag
-anal Library Analysis
-phar Pharmacophore Tailoring
-simi [mol2] Similarity Analysis for Scaffold Hopping
-spli Split Library into Single Molecule File
------------------------------------------------------------