生信 执行github上的HTP工具/虚拟环境设置

GitHub - plantdna/htp: Haplotype-tag polymorphisms

下载conda 

完成环境配置 

更新conda

conda update conda

conda update anaconda

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2023年2月23日 17:45:29 发现conda创建的默认路径变了

解决方法：找到用户目录下的.condarc文件（C:\Users\username）

1.加上

envs_dirs:
  - E:\conda\envs

2.之后：

conda config --add envs_dirs D:\Anaconda3\envs
conda config --add pkgs_dirs D:\Anaconda3\pkgs

会自动置顶

3.修改conda大目录的文件权限 

解决

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conda创建虚拟环境

conda create --name <name> python=3.9

（删除指令） 

conda remove -n 'name' --all

之后运行配置文件（带镜像）

pip install -r requirements.txt -i https://pypi.douban.com/simple 

 

 这里一直报错 最后的方法 

直接在pycharm源文件里添加路径解决

服务器下(linux)

安装了python3.8 

vim编辑器下修改环境变量把3.8加入环境变量

WARNING: You are using pip version 19.2.3, however version 22.2.2 is available.
You should consider upgrading via the 'pip install --upgrade pip' command

升级pip   --user？

$ pip3 install --upgrade pip --user

下载依赖

$ pip3 install -r requirements.txt

$ pip3 list

 配置成功