RNA-seq

最新推荐文章于 2024-05-19 23:31:32 发布
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表达矩阵：1.芯片2.rna-seq

rna seq：bulk vs single cell  for heterogenous异质性

第一步 alignment   

spliced alighnment: hisat2  STAR   unique mapped 比对的位置只有一个

第二步 quantificantion 

判断reads在哪个位置表达

第三步normalization  

sequence reads = expression levels

同一样本不同基因的长度不同，同一基因不同样本的测序深度不同因此需要标准化。

RPKM 除以原始片段长度

TPM 除以长度化之后片段的长度  ***正确

内参基因  TMM假设大多数基因没有差异表达

第四步可视化

差异表达

富集分析

聚类、相关系数

我有一片大森林
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