重测序resequencing

对有参考基因组的进行测序，区分于de novo。

基本步骤：1.测序2.比对到参考基因组3.变异检测

 

1.测序   

         一代：sanger ddntp 通量低，准确率高

        二代：illumine  读长短，通量高，准确性高

        三代：pacbio/nanopore 读长长 准确率低

先用鸟枪法 ：打断序列    分成很短的reads。

之后选择测序方式：single end   paired end

测序产生：fq文件 对文件格式的理解是数据解读的关键。

不同公司测序标准不同，第四行不同

 人类基因组参考序列  UCSC  the Genome Reference Consortium (GRC)   hg19

fa格式文件中第2行基因序列测不了的地方用N来替代如着丝粒地方。

测的目的

突变  1.somatic de novo mutations  体细胞突变   cancer snv  single-nucleotide variant

         2.germline de novo mutations 生殖细胞突变   snp

        SNP与点突变的区别：

        变异频率大于1%为SNP

        变异频率低于1%为点突变

变异类型：1，SNP     2，indels     3，SV  long indels 染色体重组     CNV

建库：1.全基因组2.设计特定的探针或芯片3.PCR 

比对 ：BWA  Bowtie2   sam格式  bam是二进制的sam  对文件格式的理解是内容的关键 

                   cram格式 代表的内容相同，方式不同

BWA中 mem比对的序列长度大相对于 samse

reads duplications 由于PCR不准确产生需要去掉有偏差的重复

深度：每个位点覆盖reads的数量

覆盖率：某个区域满足覆盖度的比例

bandst 计算深度，覆盖率

变异检测软件：bcftools   samtools      GATK