学习笔记Day6：R语言作图—ggplot2

R语言作图-ggplot2

画图是展示数据的方法

常用可视化R包和函数

作图：base、ggplot2、ggpubr

拼图：par里的mfrow、gridarrange、cowplot、patchwork

导出：经典三段论、ggsave、eoffice（topptx）

作图

基础包绘图

高级绘图函数+补充的低级绘图函数（可选）=完整图

plot(iris[,1],iris[,3],col = iris[,5]) 
text(6.5,4, labels = 'hello')             ##紧接着运行即可加在图上

ggplot2

library(ggplot2)
ggplot(data = iris)+
  geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length,
                           y = Petal.Length,
                           color = Species))

ggpubr

是ggplot2的简化版本，沿用其另一种默认设置，新手友好

library(ggpubr)
ggscatter(iris,
          x="Sepal.Length",
          y="Petal.Length",
          color="Species")

ggplot2-绘图模板

1. 绘图模板：ggplot(数据)+FUNCTION(mapping= aes(映射))+属性

   #模板
   ggplot(data = <DATA>)+
     geom_FUNCTION(mapping = aes(<MAPPING>))
   #代码
   ggplot(data = iris)+
     geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length,
                              y = Petal.Length))
   

   特殊语法：行末写+,列名单独出现，不加""。

2. 属性设置：是geom_FUNCTION的参数

   • 颜色：color
   • 大小：size
   • 形状：shape
   • 透明度：alpha
   • 填充颜色：fill

   ggplot(data = iris) + 
     geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length, 
                              y = Petal.Length), 
                size = 6,     # 点的大小5mm
                alpha = 0.3,  # 透明度 50%
                shape = 20,
                color = 'orangered')  # 点的形状
   

   

3. 映射：按照数据框的某一列来定义图的某个属性，是aes()的参数

   • x轴：x
   • y轴：y
   • 颜色：color
   • 大小：size
   • 形状：shape
   • 透明度：alpha
   • 填充颜色：fill

   ggplot(data = iris)+
     geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length,
                              y = Petal.Length,
                              color = Species))
   

   

   • 如何自行指定映射的具体颜色

     ggplot(data = iris)+
       geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length,
                                y = Petal.Length,
                                color = Species))+
       scale_color_manual(values = c("blue","grey","red"))
     

     

   • 配色R包rcolorBrewer已经内置进ggplot2

     ggplot(data = iris)+
       geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length,
                                y = Petal.Length,
                                color = Species))+
       scale_color_brewer(palette = 'Set1')
     

     

     更多样的颜色：使用十六进制颜色编码

   • 区分color和fill两个属性

     • 实心图形：使用color控制颜色

     • 空心图形：color控制外框，fill控制填充

       ggplot(data = iris)+
         geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length,
                                  y = Petal.Length),
                    shape = 24,
                    fill = "yellow",
                    color = 'red')
       

       

4. 几何对象：以geom_funciton()画出的图形均称为几何对象

   几何对象可以叠加，类似ps图层的概念

   ##局部设置，对所在的图层/几何对象生效
   ggplot(data = iris) + 
     geom_smooth(mapping = aes(x = Sepal.Length, 
                             y = Petal.Length))+
     geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length, 
                              y = Petal.Length))
   ##全局设置，对全部的图层/几何对象生效
   ggplot(data = iris,mapping = aes(x = Sepal.Length, y = Petal.Length))+
     geom_smooth()+
     geom_point()
   

   

5. 位置：

   ggplot(data = iris,mapping = aes(x = Species,
                                    y = Sepal.Width,
                                    fill = Species))+
     geom_boxplot()+
     geom_point()
   #
   ggplot(data = iris,mapping = aes(x = Species,
                                    y = Sepal.Width,
                                    fill = Species))+
     geom_boxplot()+
     geom_point(position = 'jitter')/#geom_jitter()
   

   
   

   jitter的替代—dotplot和蜜蜂图

6. 坐标系：coord_flip()反转坐标系。

7. 主题：ggplot2有很多种主题，如+theme_bw()可以将背景改为白色。

• 图层的叠放顺序：先写在下，后写在上

  ggplot(data = iris, mapping = aes(x = Species,
                                    y = Sepal.Width))+
    geom_violin(mapping = aes(fill = Species))+
    geom_boxplot()+
    geom_point(mapping = aes(shape = Species),position='jitter')+
    coord_flip()
  

  

ggpubr

搜代码直接使用即可，不需要系统学习

代码示例：

# sthda上有大量ggpubr出的图
library(ggpubr)
p = ggboxplot(iris, x = "Species", y = "Sepal.Length",
              color = "Species", shape = "Species",add = "jitter")
p

ggpubr的实用小功能：实现组间比较

#要求是长度为2的向量组成的列表，内容是由横坐标组成。
my_comparisons <- list( c("setosa", "versicolor"), 
                        c("setosa", "virginica"), 
                        c("versicolor", "virginica") )
p + stat_compare_means(comparisons = my_comparisons,
                       aes(label = after_stat(p.signif)))

• ggpubr和ggplot2的图可以赋值，基础包画图不可赋值。

图片保存

1. ggplot2系列的保存方法：

   ggsave(p,filename = "iris_box_ggpubr.png")  
   #文件类型根据后缀决定
   #一些参数支持修改分辨率、长宽比例等，有需要时详细学习。
   

2. 通用保存方法：三段论

   • 第一段：保存函数及文件名

   • 第二段：作图代码

   • 第三段：关闭画板

     #第一段
     pdf("iris_box_ggpubr.pdf")
     #第二段
     boxplot(iris[,1]~iris[,5])
     text(6.5,4, labels = 'hello')
     #第三段
     dev.off()
     

3. eoffice包：将图片保存至ppt

   library(eoffice)
   topptx(p,"iris_box_ggpubr.pptx")
   

拼图

patchwork包：完美兼容ggplot2

1. 支持p1+p2直接拼图
2. 遇到需要的功能再学习，小洁老师的patch包教程：大佬新包patchwork：可能是迄今为止最优秀的拼图包 (qq.com)

• 画板被占用：dev.off()关闭画板，救不了就dev.new()开个新的~

如何搜索画图代码和资料

1. 可以用bing/百度/搜狗微信搜索画图教程~
2. STHDA：一个画图网站
3. 小洁老师的画图合集： 画图合辑

• 画图代码+数据+解决问题的能力 = 成品图

画图的正确思维

1. 我的数据适合什么图展示？
2. 搜画图代码
   • 代码可复制，图片美观
   • 提供了示例数据
3. 仿制示例数据
   • 数据类型、数据结构
   • 组织方式、对应关系
4. 套代码，调细节

• 随机抽样：sample(向量,n),随机种子：set.seed()，每个随机种子对应一个抽样结果。

引用自生信技能树课程。给小洁老师比心~~