小洁老师的小班课——单细胞专题Day1

单细胞专题-Day1

第一件事当然是装包啦~

需要安装的R包：

cran包：'tidyverse','msigdbr', 'patchwork','SeuratObject','Seurat'

Bioconductor包： 'sva', 'monocle', 'GOplot','GSVA','plotmo','regplot','scRNAseq','BiocStyle','celldex','SingleR','BiocParallel'

装包超实用小函数：require 对于加载成功的包，返回逻辑值T，未装的包返回F，用于装包时代码的分情况讨论。

单细胞数据库

1. GEO
2. Single Cell Portal
3. Human Cell Atlas
4. Single Cell Expression Atlas
5. UCSC

不同类型文件的读取方法：https://mp.weixin.qq.com/s/W7szy-Kg6G1N1ENHNRjGiw 需要时查询即可。

多样本数据整理

跟着小洁老师，不用再手动整理文件夹！代码操作yyds！！

1. 解压：

untar("GSE231920_RAW.tar",exdir = "GSE231920_RAW")#解包
library(stringr)
fs = paste0("GSE231920_RAW/",dir("GSE231920_RAW/"))
fs#查看每个样本的数据文件

2. 从文件名中提取样本名

samples = dir("GSE231920_RAW/") %>% str_split_i(pattern = "_",i = 2) %>% unique();samples

不同样本需要修改代码，该例子为分割GSM7306054_sample1_barcodes.tsv.gz这一文件名

dir()列出工作目录下文件

3. 为每个样本创建单独文件夹