丘山的读书笔记
文章平均质量分 86
不爱吃豆沙包
这个作者很懒,什么都没留下…
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小洁老师的小班课——单细胞专题Day1
需要安装的R包:Bioconductor包:require对于加载成功的包,返回逻辑值T,未装的包返回F,用于装包时代码的分情况讨论。原创 2024-07-04 09:36:13 · 507 阅读 · 0 评论 -
学习笔记Day17:转录组上游分析-1
取出fastq文件中的所有序列ID(第一行)取出fastq文件中的所有序列(第二行)同上对序列出现次数进行统计如果某一序列出现次数非常高,考虑可能是核糖体RNA?或实验过程中的异常情况,可以比对序列来查看该序列来源。原创 2024-03-26 23:03:40 · 555 阅读 · 1 评论 -
学习笔记Day15:Shell脚本编程
自行定义的变量,可以用于用户编写的脚本,多个命令之间值的传递a=gene #=前后不要有空格echo a## aecho $a #调用变量要加$## gene单引号中变量不解释,双引号中变量解释。原创 2024-03-25 23:47:44 · 938 阅读 · 0 评论 -
学习笔记Day14:Linux下软件安装
所有语言的包(package)、依赖(dependency)和环境(environment)管理器,类似应用商店Conda < Miniconda < Anaconda(有交互界面)Linux下Miniconda即可。原创 2024-03-22 22:59:44 · 1246 阅读 · 0 评论 -
学习笔记Day13:Linux进阶
功能强大。原创 2024-03-22 01:27:53 · 1084 阅读 · 1 评论 -
学习笔记Day12:初探LInux 2
同一个目录中不允许出现文件及文件夹重名。原创 2024-03-19 22:44:19 · 771 阅读 · 1 评论 -
学习笔记Day11:初探Linux
发行版本Ubuntu/centOS,逻辑一样,都可以用。原创 2024-03-18 23:28:23 · 961 阅读 · 0 评论 -
学习笔记Day9&10:GEO数据挖掘-基因表达芯片代码
不要在同一个文件夹中处理两套数据。原创 2024-03-16 22:36:27 · 1252 阅读 · 1 评论 -
学习笔记Day8:GEO数据挖掘-基因表达芯片
GEO数据库GEO工具:GEO2R,可以导入代码进入R修改。Series:用户提交给数据库一个完整的研究,包括其样本数据(GSM),包含提供研究描述,包括对数据描述并总结分析(GSE)。GEO数据集筛选表达芯片数据:Expression profiling by array单细胞/普通转录组(高通量测序):Expression profiling by high throughput sequencingGSE界面:GPL(平台)中看ID和Symbol Gene;原创 2024-03-15 00:36:34 · 2748 阅读 · 1 评论 -
学习笔记Day7:R语言提升专题
将一个字符串拆分至以字符为最小单位进行操作。原创 2024-03-12 22:49:07 · 920 阅读 · 3 评论 -
学习笔记Day6:R语言作图—ggplot2
画图是展示数据的方法常用可视化R包和函数作图:base、、ggpubr拼图:par里的mfrow、gridarrange、cowplot、导出:经典三段论、原创 2024-03-12 00:18:11 · 1201 阅读 · 1 评论 -
学习笔记Day2:数据类型和向量【R】
数据的属性class()原创 2024-03-05 23:13:23 · 1108 阅读 · 1 评论 -
学习笔记Day5:文件读写
提示:修改文件后导出时尽量修改名字,不要覆盖原文件。Rdata无法用其他软件打开,可保存多个变量。:判断a和b是否完全相同,数据内容和数据结构。今天学到很多实用小工具!通常用于读取CSV格式。让代码可重复,数据可重现。通常用于读取txt格式。原创 2024-03-10 01:51:55 · 425 阅读 · 1 评论 -
学习笔记Day3:数据框、矩阵和列表
要经常检查代码生成的结果,警惕不报错的错误向量:一维表格:二维列表:三维判断数据结构:class()或is族函数判断,或根据其生成的函数来判断。原创 2024-03-08 00:12:47 · 1122 阅读 · 1 评论 -
学习笔记Day4:函数与R包
形式参数与实际参数()前面的部分,例如seq()形式参数:from, to, by,作者设计,可省略实际参数: 3,21,3,使用者根据实际情况做改动写函数的函数function()函数名称:jimmy,a/b/m:形式参数,2:m这一参数的默认值;函数功能:(a+b)^m使用:逻辑是(1+2)^2写函数应用:例:画很多很多图。原创 2024-03-09 10:41:43 · 422 阅读 · 0 评论 -
学习笔记Day1:R及Rstudio基础
R语言:一个统计学软件, 作为工具使用。Rstudio:一个集成控制平台,让R更好看的图形界面。核心:用函数处理数据,遇到一个需求时思考两步:1.使用什么R包,2.输入什么格式的数据。原创 2024-03-05 10:45:48 · 685 阅读 · 1 评论 -
学习笔记Day0:生信小白的上路前准备!
努力做一个写给师弟师妹们的入门保姆级教程。原创 2024-03-05 10:34:27 · 523 阅读 · 1 评论