table1 | 一秒搞定你的三线表

1. 需要的包

rm(list=ls())
library(dplyr)
library(table1)

2. 示例数据

• 本次使用的是大名鼎鼎的iris，这里你可以替换成你的数据

dat <- iris %>% 
  mutate(.,color = rep(c("red","blue","green"), each = 50)) %>% 
  mutate(.,group = rep(c("big","small"), each = 75)) #在这里新增2列，后面会用到 （无中生有！,,Ծ‸Ծ,,）

view(dat) #数据不大, 这里就view一下吧~ ๐•ᴗ•๐

3. 给变量添加单位（可选）

• 这里以变量Sepal.Length和Sepal.Width为例，添加单位，将在三线表中显示。

units(dat$Sepal.Length)   <- "mm"
units(dat$Sepal.Width)    <- "mm"

4. 开始绘制三线表

4.1 初步绘制

table1(~ Sepal.Length + 
         Sepal.Width + 
         Petal.Length +
         Petal.Width, # 以上均为变量
       data=dat,  # 你的数据
       overall = "Total")

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4.2 分组绘制 （单变量分组）

• 以Species为分组变量进行统计

table1(~ Sepal.Length + 
         Sepal.Width + 
         Petal.Length +
         Petal.Width | Species, #Species为分组变量
       data=dat,  # 你的数据
       overall = "Total")

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4.3 分组绘制 （双变量分组）

• 由于iris没有第二个分组变量，我们在之前新增了一列color作为分层变量

table1(~ Sepal.Length + 
         Sepal.Width + 
         Petal.Length +
         Petal.Width | Species*color, #Species为分组变量,color为分层变量
       data=dat,  # 你的数据
       overall = "Total")

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• Note: 这里大家要注意var*var前后顺序，意义是不一样的，我们调换一下Species和color的顺序

table1(~ Sepal.Length + 
         Sepal.Width + 
         Petal.Length +
         Petal.Width | color*Species, #color为分组变量,Species为分层变量
       data=dat,  # 你的数据
       overall = "Total")

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5. 填加统计值

5.1 自定义函数计算统计值

• 这个包美中不足的地方，没有统计值啊~，大家复制这段代码添加统计值

pvalue <- function(x, ...) {
  # Construct vectors of data y, and groups (strata) g
  y <- unlist(x)
  g <- factor(rep(1:length(x), times=sapply(x, length)))
  if (is.numeric(y)) {
    # For numeric variables, perform a standard 2-sample t-test
    p <- t.test(y ~ g)$p.value
  } else {
    # For categorical variables, perform a chi-squared test of independence
    p <- chisq.test(table(y, g))$p.value
  }
  # Format the p-value, using an HTML entity for the less-than sign.
  # The initial empty string places the output on the line below the variable label.
  c("", sub("<", "&lt;", format.pval(p, digits=3, eps=0.001)))
}

stats <- function(x, ...) {
  y <- unlist(x)
  g <- factor(rep(1:length(x), times=sapply(x, length)))
  if (is.numeric(y)) {
    s <- t.test(y ~ g)$statistic
  } else {
    s <- chisq.test(table(y, g))$statistic
  }
  c("", sprintf("%.4f", s))
}

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5.2 绘制带统计值的三线表

table1(~ Sepal.Length + 
           Sepal.Width + 
           Petal.Length +
           Petal.Width | group, 
         data=dat, 
         overall = F,
         extra.col=list(`P-value`=pvalue, `statistic`=stats))

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最后祝大家早日不卷!~

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点个在看吧各位~ ✐.ɴɪᴄᴇ ᴅᴀʏ 〰