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原创 组学大讲堂16s

下载多样性分析docker镜像。

2024-05-01 21:26:10 413 1

转载 docker pull 镜像失败报错failed to register layer: no space left on device

docker pull镜像,第一次pull镜像就提示no space left 间不足,我在/etc/docker/daemon.json文件中配置了加速器。原文链接:https://blog.csdn.net/weixin_41948075/article/details/123941754。4、编辑/etc/docker/daemon.json 添加 "root-data": “/docker/data”找到Docker Root Dir: /var/lib/docker,没修改前我的是这个地址。

2024-05-01 10:20:42 52

原创 Docker

视频:黑马程序员。

2024-04-30 20:56:25 282 2

原创 linux

d表示目录(l表示软链接/-表示文件) 自己|同组|别人。2个文件/4096个字节/

2024-04-08 21:55:50 119

原创 Lasso回归

【代码】Lasso回归。

2024-03-25 15:28:39 66 1

原创 ggvenn取交集基因

【代码】ggvenn取交集基因。

2024-03-06 16:55:21 275 1

原创 基于GEO的WGCNA

拓扑矩阵热图:两侧的聚类结果是相同的,对角线的颜色越深说明联系越高,分析结果较好。

2024-03-02 16:52:59 218

原创 临床预测模型

列线图是一种建立在多因素Cox回归模型(或者其他多因素回归模型)基础上,通过带有刻度的线段按一定比例将各种预测指标列在一张平面图上,然后对每一个因素进行打分,将所有因素的得分相加得到总分,用这个总分来预测最终的结局。C-index(concordance index),也有人翻译为一致性指数,主要用于计算生存分析中的COX模型预测值与真实之间的区分度。P值小于0.05具有统计学意义,exp(coef)代表HR,大于1表示风险因素。c-index为0.69。

2024-02-27 21:37:57 228

原创 统计学分析

【代码】统计学分析。

2024-02-05 22:54:02 134 1

原创 GEO数据库ID转换

作者:混迹天然 https://www.bilibili.com/read/cv14560979/ 出处:bilibili。在http://www.bio-info-trainee.com/1399.html网站获取平台探针与基因对应关系的R包。如果没有下载过这个包,就下载一下,代码如下(注意:网页里面的R包名称不是全称,要在后面加“.db”)通过上述方法我们得到了ID对应的symbol,接下来只需要将symbol列对应进矩阵就好了。

2024-02-05 22:39:56 175 1

原创 免疫浸润分析

逆转获得原始表达值(以log2为例)

2024-01-29 21:59:07 329

原创 有用的命令

strsplitsymbol1 <- strsplit(symbol,split=" /// ",fixed=T)#fixed=T表示精确查找gene_symbol <- sapply(symbol1,function(x){x[1]})#提取每一个子列表中的第一个元素。

2024-01-26 22:14:57 113 1

原创 GEO :将ENTREZ_GENE_ID转换为gene symbol

【代码】GEO :将ENTREZ_GENE_ID转换为gene symbol。

2024-01-26 19:42:13 404 1

原创 GEO芯片数据处理、多芯片数据合并、差异分析、核心基因提取、核心基因与免疫细胞相关性

下载探针矩阵probe.txt和平台注释ann.txt查看分组信息,复制对照组样本名称s1.txt和实验组样本名称s2.txt。

2024-01-20 20:53:36 683

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