optiz-CSDN博客

humann2_databases --download uniref uniref90_diamond $wd #功能基因diamond索引 10.3G。humann2_databases --download chocophlan full $wd #微生物物种核心基因5.37G。humann2_config --print #查看参数和数据库位置是否正确。humann2_databases #显示可用数据库。#常用修改线程数、核酸和蛋白库位置。合并质控后的双端数据。

2024-10-13 14:58:47 422

原创 ggplot2

ggplot里面含data，aes里面含横轴（纵轴）data(mpg)coord_flip() ##颠倒横纵坐标。

2024-10-11 20:55:00 331

原创 screen

screen -r -S download #返回窗口。screen -S download #创建窗口。screen -ls #查看。screen -d 临时退出。ctrl +d 完全退出。

2024-09-28 21:22:52 150

原创转录组下游分析

if (!sep="")###PCA图plotPCA(rld, intgroup="condition", ntop=nrow(counts(ddsHTSeq)))###相关性热图(100),###输出分析结果# 加change列,标记上下调基因，可根据需求设定阈值logFC = 1#筛选差异基因（基础表达量高、变化明显、p值显著）

2024-09-19 20:27:31 830

原创 rna-seq--细菌illumina测序

├── database # 数据库存放目录，包括参考基因组，注释文件，公共数据库等├── rna-seq # 项目分析目录├── data # 数据存放目录│ ├── cleandata # 过滤后的数据│ ├── trim_galore # trim_galore过滤│ └── fastp # fastp过滤│ └── rawdata # 原始数据├── Mapping # 比对目录│ ├── Hisat2 # Hisat比对。

2024-09-05 16:57:37 612

原创 slurm

SBATCH -e %x_%j.err ## 作业stderr 输出文件为: 作业名_作业id.err。#SBATCH -o %x_%j.out ## 作业stdout输出文件为: 作业名_作业id.out。#SBATCH --exclusive ## 作业使用的计算节点为独占，排除其他作业影响。#SBATCH -n 1 ## 作业申请的并行作业task数为：12。

2024-09-03 22:20:30 389

原创 linux三架马车--grep、sed、awk

一种强大的文本搜索工具，它能使用正则表达式匹配模式搜索文本，并把匹配的行打印出来-w #按照单词匹配-c #统计匹配成功的行数-v #方向匹配，输出没有匹配的行-n #显示匹配成功的行所在的行号-r #查找目录-i #忽略大小写-e #指定多个匹配模式-f #从指定文件中读取要匹配的pattern【例如】less Data/example.gtf | grep -w -f file | less -S 注：file文件中包含gene和UTR。

2024-09-03 18:43:49 389

原创重复序列分析

而RepeatModeler则可以通过从头预测的方式来鉴定基因组中未知的重复序列家族，它结合了多个工具，如RECON和RepeatScout，来构建重复序列的模型。RepeatMasker依赖于已知的重复序列数据库（如Repbase）来识别基因组中的重复序列。在基因组注释中，常用的工具包括RepeatMasker和RepeatModeler。

2024-09-01 21:52:42 308

原创系统发育树--基因学苑

NJ邻接法：计算速度快，适合序列相似度较高的序列。对于相似度很低的序列，会出现所谓的长枝吸引现象。UPGMA：数据是连续型时，比如一个数字矩阵，差异表达数据属于这种，可以使用UPGMA法计算距离。MP最大简约法：当序列之间差异比较小，核酸序列数比较小时，可以使用最大简约法MP法，MP一般不用在远缘序列上。ML最大似然法：当序列之间亲缘关系稍远，不同谱系的进化速率较大变异时，可以采用最大似然法。

2024-08-30 20:20:19 447

原创黑马程序员-python

i=1print(f"今天是第{i}天")print(f"给小美送{j}朵玫瑰")print("喜欢你")注：嵌套for循环通过缩进确定层次关系。

2024-07-24 19:25:35 1098 1

原创 swap

reboot后就不卡了。

2024-05-13 13:58:50 154

原创三代测序数据质控过滤拼接

NanoPlot：三代纳米孔测序数据质量评估-CSDN博客。

2024-05-12 22:24:28 675

原创二代测序数据SOAPdenovo拼接、quast评估

make命令时出现以上报错。

2024-05-11 20:33:01 490 2

原创查看磁盘占用空间

du -h --max-depth=1

2024-05-09 21:03:35 160

原创组学大讲堂16s

下载多样性分析docker镜像。

2024-05-01 21:26:10 1959 1

转载 docker pull 镜像失败报错failed to register layer: no space left on device

docker pull镜像，第一次pull镜像就提示no space left 间不足，我在/etc/docker/daemon.json文件中配置了加速器。原文链接：https://blog.csdn.net/weixin_41948075/article/details/123941754。4、编辑/etc/docker/daemon.json 添加 "root-data": “/docker/data”找到Docker Root Dir: /var/lib/docker，没修改前我的是这个地址。

2024-05-01 10:20:42 1161

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