Dendrogram | 今天是人见人爱、花见花开的环形Dendrogram！~（附完整代码）

1写在前面

好长时间没更新了，这周真的是天天都在手术室度过，常讲到的一句话就是苦的一比啊。🫠

很久没有见过外面的世界了，世界那么大，我也想去看看！~😂

废话太多了，今天的教程是环形dendrogram，颜值还是不错的。😋

大家来一起看看吧！~🌟

2用到的包

rm(list = ls())
library(ggraph)
library(igraph)
library(tidyverse)
library(RColorBrewer) 

3示例数据

3.1 edges数据

首先我们无中生有一个data，典型的from和to两列。🤓

d1 <- data.frame(from = "origin", to = paste("group", seq(1,10), sep=""))

d2 <- data.frame(from = rep(d1$to, each=10), to = paste("subgroup", seq(1,100), sep = "_"))

edges <-  rbind(d1, d2)

DT::datatable(edges)

---

3.2 创建nodes数据

一样的，我们生成些随机数给from和to吧。🥳

这些数值就作为nodes的data。🧐

vertices <-  data.frame(
  name = unique(c(as.character(edges$from), as.character(edges$to))) , 
  value = runif(111)
) 

DT::datatable(vertices)

4添加分组

我们再添加一列，显示每个name的分组。🤨

后面可以用来分类颜色。😜

vertices$group <- edges$from[match(vertices$name, edges$to)]

DT::datatable(vertices)

5添加labels信息

5.1 计算labels的角度

vertices$id <- NA
myleaves <- which(is.na( match(vertices$name, edges$from) ))
nleaves <- length(myleaves)
vertices$id[ myleaves ] <-  seq(1:nleaves)
vertices$angle <-  90 - 360 * vertices$id / nleaves

DT::datatable(vertices)

---

5.2 计算labels的对齐方式

vertices$hjust<-ifelse(vertices$angle < -90, 1, 0)

DT::datatable(vertices)

---

5.3 反转角度

我们反转一下角度，方便阅读。🧐

vertices$angle<-ifelse(vertices$angle < -90, vertices$angle+180, vertices$angle)

DT::datatable(vertices)

6igraph创建网络对象

net <- graph_from_data_frame(edges, vertices=vertices)

net

7最终绘图

ggraph(net, layout = 'dendrogram', circular = T) + 
  geom_edge_diagonal(colour="grey") +
  scale_edge_colour_distiller(palette = "RdPu") +
  geom_node_text(aes(x = x*1.15, y=y*1.15, 
                     filter = leaf, label=name, 
                     angle = angle, hjust=hjust, 
                     colour=group),
                    size=2.7, alpha=1) +
  geom_node_point(aes(filter = leaf, x = x*1.07, y=y*1.07, 
                      colour=group, size=value, alpha=0.2)) +
  scale_colour_manual(values= rep( brewer.pal(9,"Paired") , 30)) +
  scale_size_continuous( range = c(0.1,10) ) +
  theme_void() +
  theme(
    legend.position="none",
    plot.margin=unit(c(0,0,0,0),"cm"),
  ) +
  expand_limits(x = c(-1.3, 1.3), y = c(-1.3, 1.3))

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最后祝大家早日不卷!~

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点个在看吧各位~ ✐.ɴɪᴄᴇ ᴅᴀʏ 〰

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