dcm格式转化为nii.gz格式

在学习nnUNet时，需要的数据集格式为nii.gz，这里付上将dcm格式文件转化为nii.gz的代码

使用方法：

1.将dicom_folder更改为需要更改的原文件路径

2.将output_folder更改为转化后的文件夹需要保存的路径 

import os
import pydicom
import numpy as np
import nibabel as nib
import torch

# 读取DICOM文件夹路径
dicom_folder = "F:/seg/chaos_dcm(1)/chaos_dcm/val/Data"

# 创建保存NIfTI文件的目标文件夹
output_folder = "F:/seg/Task600-liver/val"
os.makedirs(output_folder, exist_ok=True)

# 遍历DICOM文件夹中的所有.dcm文件
for filename in os.listdir(dicom_folder):
    if filename.endswith(".dcm"):
        dicom_path = os.path.join(dicom_folder, filename)

        # 读取DICOM文件
        dicom_data = pydicom.dcmread(dicom_path)

        # 提取图像数据并转换为PyTorch张量
        image_data = dicom_data.pixel_array.astype(np.float32)
        image_tensor = torch.from_numpy(image_data)

        # 图像数据处理步骤（根据需要进行调整）
        # ...

        # 创建NIfTI对象
        nifti_image = nib.Nifti1Image(image_tensor.numpy(), affine=np.eye(4))

        # 保存为nii.gz文件
        save_path = os.path.join(output_folder, f"{filename}.nii.gz")
        nib.save(nifti_image, save_path)