本文记录如何将dcm/dicom数据转换为nii数据
现在常用的医学图像格式包括有nii和dicom数据,如何完成这两种格式的转换十分有用,
此文主要记录的怎么将dicom数据转换为你并保持空间关系的对应。
前提:
本文解决的主要问题:已经存在原始的niiCT或者MR图像,分割出来的掩膜图像是dicom。
解决思路:
nii本质为一个三维图像,蕴含着空间坐标系,dicom图像也有一套空间坐标体系,很多时候因为多次转换后,最后得到的Image.nii 和mask.nii 无法形成对应。也就是空间关系发生了改变。
因此,我们解决的思路就是使用SimpleITK包读取原始图像并获取其空间坐标,然后再使用SimpleITK将dcm序列图像读取以后,将原始图像的空间坐标赋给dcm的空间坐标。即可完成配对。
主要的核心代码如下:(只提供了函数,没有写基础的import simpleitk as sitk)
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此函数用于转换dcm的mask图像到nii
imgpath :原始图像(such as :CT or MR slicer).nii 路径
dcmdirectory:分割mask的dcm存放地址
savepath:转换后的mask.nii保存地址
'''
def convert_dcm_to_Nii(imgpath,dcmdirectory,savepath):
Image = sitk.ReadImage(imgpath) #读取原始的切片图像
reader = sitk.ImageSeriesReader()
img_names = reader.GetGDCMSeriesFileNames(dcmdirectory)
reader.SetFileNames(img_names)
dcm = reader.Execute() #读取dcm文件夹中的dcm series
#####将原始图像的nii的空间坐标系
dcm.SetOrigin(image.GetOrigin()) # recovery ori size
dcm.SetSpacing(image.GetSpacing())
dcm.SetDirection(image.GetDirection())
###保存图像
sitk.WriteImage(dcm,savepath)