简介
Xmgrace是一个交互式绘图工具,在GROMACS分子动力学模拟的数据后处理中,我们常用它来绘制能量、温度、压力、RMSD(均方根偏差)、RMSF(均方根波动)、氢键等分析结果的图像。
Windows安装
Xmgrace在Linux下可以直接通过apt install
命令来安装。然而Xmgrace的安装对Windows用户来说非常不友好,在Windows下使用Xmgrace需要手动进行编译,或者使用WSL(Windows Subsystem for Linux)来绕过编译。
我们希望在不进行编译或安装WSL的前提下,在Windows系统下安装并使用Xmgrace。
安装MobaXterm
MobaXterm是一款功能强大的多标签终端软件,专为Windows用户设计,提供了SSH、Telnet、RDP等多种远程连接协议。另外,MobaXterm提供了一个Linux终端仿真环境,在这个终端下,我们可以使用部分Linux命令以及软件。通过以下链接访问MobaXterm软件发布页:
Download MobaXterm
有便携版(Portable edition)和安装版(Installer edition)两个版本。安装版提供了更多的集成功能,所以推荐选择下载安装版。下载完成后解压,运行.msi
程序来安装(记得自定义安装路径):
安装完成后就能启动MobaXterm了,初次启动会进行初始设置,需要花点时间。MobaXterm的软件界面长这样:
设置MobaXterm本地终端
首先在进行一些自定义设置。从工具栏进入“Settings”,在“General”选项下修改本地终端的工作路径:
修改完成后点击“OK”保存设置,软件会自动重启。重启完成后我们就可以点击“Start local terminal"启动本地终端。在本地终端中可以使用部分Linux命令,可以看到终端的工作目录和我们设置的路径是一样的:
安装Xmgrace
接下来我们就可以在这个终端下安装Xmgrace了:
apt install grace
这里需要确认安装。请注意,首次使用本地终端进行安装时会附带安装一百多个必要的项目,并不是出现了什么错误。
y
到这里我们就完成了Xmgrace的安装。
测试Xmgrace
现在来对Xmgrace进行一些测试。首先转到数据文件存放的目录,然后运行:
xmgrace <filename>
也可以用空格分隔多个文件,将多组数据绘制在一张图上。
经过测试,本地终端下可以正常运行和使用Xmgrace。
如果你在操作过程中有任何问题,可以通过微信公众号 AnzThoughts 私信我: