【PyMOL】使用PyMOL制作单分子MD模拟的轨迹动画

AnzThoughts

于 2024-09-29 12:09:45 发布

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分类专栏： PyMOL 文章标签： python ai 经验分享

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记得修改链接（水中溶菌酶）

简介

PyMOL是一个开源的三维分子可视化系统，支持多种分子文件格式，并提供了一系列工具来编辑、分析和可视化分子数据。我们可以利用PyMOL来可视化分子动力学模拟过程中粒子的运动轨迹。

安装PyMOL

在PyMOL官网下载软件安装包：
pymol.org
下载完成后运行安装程序，自定义安装路径即可完成安装。
首次运行PyMOL时会要求激活软件并关联文件拓展名。如果你是学生，可以从PyMOL官网获取免费的教育版许可证。当然，不激活软件也能正常使用。
在这里插入图片描述

图1：安装PyMOL

使用PyMOL制作单分子MD模拟的轨迹动画

获取包含轨迹信息的文件

我们用水中溶菌酶的MD模拟结果作为示例。需要以下两个文件：

.tpr文件：包含了模拟过程中所有的坐标、拓扑和模拟参数，在本例中是md_0_1.tpr
.xtc文件：包含了轨迹信息，在本例中是md_0_1.xtc

如果你不确定对应的文件是哪两个，可以检查对应模拟步骤的mdrun指令，例如：

gmx mdrun -deffnm md_0_1 -nb gpu

deffnm指定了输入（.tpr文件）和输出（.xtc文件）的文件名，所以两个文件的文件名都是“md_0_1”。
你也可以对其他过程（任何使用mdrun进行的过程，包括能量最小化、NVT平衡和NPT平衡等）的轨迹进行分析，只要你能找到该过程所对应的两个文件。

对轨迹进行校正

在开始制作动画之前，我们需要对轨迹进行校正：

gmx trjconv -s md_0_1.tpr -f md_0_1.xtc -o md_0_1_noPBC.xtc -pbc mol -center

在这里插入图片描述

图2：选择居中组

首先选择要居中的组，我们选择蛋白质（1 ( Protein)）作为居中组：

在这里插入图片描述

图3：选择输出组

接下来选择作为输出的组，这里选择系统（0 ( System)）作为输出组：

现在我们得到了校正后的轨迹——md_0_1_noPBC.xtc。

对轨迹进行抽帧

为了将轨迹文件转化成PyMOL可识别的文件类型，我们要对其进行抽帧并输出为PDB文件：

gmx trjconv -s md_0_1.tpr -f md_0_1_noPBC.xtc -o traj.pdb -dt 10

这里的-dt 10参数指定了抽帧间隔为 $10\ ps$ ，对于本例中的 $1\ ns$ 模拟，帧数为 $101$ 。请注意，抽帧间隔最小为 $10\ ps$ 。
在这里插入图片描述

图4：选择抽帧的输出组

这里选择的输出组是我们希望在动画中呈现的对象，如果不确定，可以选择系统作为输出（0 ( System)），之后在PyMOL中隐藏不需要的对象：

经过抽帧就得到了包含整个系统中所有粒子的轨迹信息的、可被PyMOL识别的文件——traj.pdb。

使用PyMOL制作动画

调整画面

使用PyMOL打开traj.pdb：
在这里插入图片描述

图5：使用PyMOL打开`traj.pdb`

首先将蛋白质、离子和溶剂单独分为不同对象。在PyMOL命令行中输入以下命令：

select water, resn SOL
select ions, resn CL
select protein, not water and not ions
deselect

然后就能在右侧的分子对象列表中就能看到water、ions、protein三个对象，我们可以自定义这些对象的展示方式和着色。我们也可以隐藏部分对象，使它们不会呈现在我们制作的动画中：
在这里插入图片描述

图6：将蛋白质、离子和溶剂单独分为不同对象并修改展示方式和着色

接下来修改一下视角。在“Setting”→“Edit All…”中勾选“all_states”，就能同时对所有状态修改视角：
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图7：选择对所有状态进行修改

在PyMOL命令行中输入：

cmd.rotate('y', 45)
cmd.rotate('x', 15)
zoom

当然，你也可以自定义看起来舒服的视角。
修改完成后记得在“Setting”→“Edit All…”取消勾选“all_states”，这样就完成了对所有状态的视角的修改：
在这里插入图片描述

图8：修改视角后的效果

我们还可以调整背景颜色，在“Display”→“Background”中进行选择，例如可以选择白色。为了获得更高的对比度，这里我们不对背景颜色进行更改：
在这里插入图片描述

图9：调整背景颜色

添加动画项目

调整好画面后我们就可以制作轨迹动画了。首先打开PyMOL的时间线工具，然后在“Movie”→“Add Program”中选择“State Loop…”，表示从第一个状态扫描到最后一个状态，进行一次。点击“ok”完成添加：
在这里插入图片描述

图10：添加动画项目

编辑时间线

添加项目后我们就能在时间线工具中进行编辑。我们可以进行剪切、慢放、快放等操作。本例中我们仅将添加的项目的播放时长拉长为 $5\ s$ ，直接拖动紫色的项目时间线的末端即可修改：
在这里插入图片描述

图11：编辑时间线

导出动画

在“Movie”选项卡中选择“Export Composition”，可以选择清晰度、渲染方式和导出格式等。选择编码方式为ffmpeg，导出格式为MPEG 4，如果你没有安装过ffmpeg，那么将会弹出安装选项卡，选择“Yes”就能进行安装。点击“Save Movie as …”，选择导出路径即可开始导出：
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