1.点击网址Introduction to Single-Cell Analysis with Bioconductor进入安装步骤
2.输入命令
1.sudo apt-get install r-base # Debian/Ubuntu
2.sudo dnf install R # Fedora/CentOS/RHEL
3.sudo yum install R # older Fedora/CentOS/RHEL
实施步骤1时,
您可以按照以下步骤在Ubuntu上安装R:
1. 打开终端:您可以使用快捷键Ctrl + Alt + T打开终端。
2. 输入以下命令以更新软件包列表:
sudo apt update
3. 然后,输入以下命令以安装R:
sudo apt install r-base
4. 在安装过程中,系统可能会要求您提供管理员密码进行确认。输入密码并按Enter键继续。
5. 完成安装后,您可以通过输入以下命令来验证R是否成功安装:
R --version
如果成功安装,您将看到R的版本信息。
3.输入R,即可进入R界面,根据1的连接里面1.3里面进行安装,要验证该包是否安装成功,输入library( ),括号里面的内容为该包对应的括号不加引号内容。
1.3中第三步遇到的问题
上图代表安装成功
若安装
BiocManager::install("SingleCellExperiment")
不成功,可以输入以下命令后继续安装
q()
sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev libxml2-dev
sudo R
BiocManager::install("SingleCellExperiment")
该报错处理方法:BiocManager::install("SingleCellExperiment", force = TRUE)
该报错处理方法:install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("SingleCellExperiment")
BiocManager::install("SingleCellExperiment") Error in loadNamespace(x) : there is no package called ‘BiocManager’
第四步安装
上图代表第四步安装成功
5.安装rstudio
可能的报错
链接1:
wget http://security.ubuntu.com/ubuntu/pool/main/o/openssl/libssl1.0.0_1.0.2g-1ubuntu4.20_amd64.deb
sudo dpkg -i libssl1.0.0_1.0.2g-1ubuntu4.20_amd64.deb
sudo gdebi rstudio-1.1.414-amd64.deb
若以上报错解决方法不行
可能是版本不同
使用第一张图的第三个命令,而不是去参照连接1的第一个命令链接1和2完成后,输入完整安装流程后,进行验证
验证安装完成出现以下界面