HPC 调试经验：线程亲和性设置失败

今朝观山海

已于 2025-05-03 11:47:51 修改

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文章标签：高性能计算 Cuda编程 Onnxruntime

于 2025-05-03 11:32:30 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/m0_74935108/article/details/147676836

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孔杰山东科技大学计算机学院CogTwins Lab（Cognitive Industrial Digital Twins Lab | Official web of Cognitive Industrial Digital Twins Lab team）

在高性能计算 (HPC) 环境下，我们经常需要结合 CPU 和 GPU 等多种硬件加速器协同工作。以下分享对于ONNX Runtime 在推理时出现线程亲和性设置错误的实际问题及解决思路：在讲解过程中，我们会介绍相关技术背景（如线程亲和性、ROCm、LD_LIBRARY_PATH 等），帮助初学者理解整个排查流程。

线程亲和性设置失败

在进行模型推理时，出现如下错误日志：

2023-05-18 08:24:58.694 [E:onnxruntime:Default, env.cc:251] 
pthread_setaffinity_np failed for thread: 531, index: 6, mask: {7, 39, }, 
error code: 22 error msg: Invalid argument. Specify the number of threads explicitly so the affinity is not set.

线程亲和性是什么？

线程亲和性（Thread Affinity）是指将线程绑定到特定 CPU 核上运行，以尽量让线程在同一个或同一组处理器核上执行，从而提高缓存利用率和性能。例如，Linux 默认会让线程倾向于“绑”在上次运行过的 CPU 核上，以减少缓存丢失。但是有时应用需要手动绑定线程到指定核上，这就称为“硬”亲和性。在此错误中，ONNX Runtime 在后台尝试为每个线程绑定亲和性时失败了。

错误原因分析

错误信息中提示 Invalid argument. Specify the number of threads explicitly so the affinity is not set.，意思是未显式指定线程数，导致尝试设置亲和性时出错。一旦我们没有显式设置线程数量，ONNX Runtime 默认会为每个物理核心创建线程池并设置亲和性。如果某些 CPU 核不可用或参数不符，就会触发 pthread_setaffinity_np 返回 22（无效参数）。简单来说，这是 ONNX Runtime 在多核系统中自动分配线程发生的一个提示：告诉我们应该手动指定线程数，避免自动亲和性设置。

解决方案

可以通过显式设置线程数来避免亲和性问题，具体有以下几种方法：

在代码中指定线程数：创建 SessionOptions 时，设置 inter_op_num_threads（操作之间并行线程）和 intra_op_num_threads（单次操作内部并行线程）为合适的值。显式设置线程总数后，ONNX Runtime 将不再自动设置亲和性。例如，如果机器上有 4 个核，可以这样设置：

import onnxruntime as ort
sess_opts = ort.SessionOptions()
sess_opts.inter_op_num_threads = 4   # 操作之间并行线程数
sess_opts.intra_op_num_threads = 4   # 操作内部并行线程数
session = ort.InferenceSession('model.onnx', sess_opts)
# 显式设置后，错误提示会消失，并且性能在合理使用核数时能得到保证。

设置环境变量：可以通过设置 OpenMP 环境变量 OMP_NUM_THREADS 来影响线程数（ONNX Runtime 会参考该变量）。例如，在 Linux 环境下：
```
# 设置 OMP_NUM_THREADS 环境变量
export OMP_NUM_THREADS=4
```
调整容器配置：在本次问题中，我们在重建容器时显式指定使用4 张异构加速卡（例如 4 张不同型号的 GPU）并设置相应的线程数，使得推理时每个加速卡对应的线程数明确，避免了自动亲和性设置引发的问题。

通过上述方法显式指定线程数量后，再次运行推理脚本，线程亲和性错误即解决。需要注意的是，这个错误本身并不一定会导致推理失败（通常只是警告），但为了日志清晰和预防潜在性能问题，建议按照以上方法明确线程数。

总结

线程亲和性（CPU 亲和性）是将线程绑定到特定 CPU 核的机制，有助于提高缓存命中率。如果 ONNX Runtime 报错线程亲和性失败（error code 22），通常只需显式指定线程数（如设置 intra_op_num_threads / inter_op_num_threads 或 OMP_NUM_THREADS），这样就不会自动设置亲和性。
在 HPC 开发中，遇到报错要先看日志、定位根因：对照错误信息中的关键字（如 affinity、Segmentation fault），结合系统环境（多核配置、GPU 驱动等）分析原因，并尝试调整环境变量或程序配置来解决。以上经验可供其他初学者参考和借鉴。