使用GEOquery 下载并读取数据

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生信分析第一步：R语言基础应用以及数据前处理

文章目录

• R包下载
• 使用GEOquery包下载原始数据
• 芯片数据读取
• GEOquery 下载并读取数据
• 提取GEO表达矩阵
• 提取GEO注释信息
• 提取GEO芯片样本及临床信息

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前言

用最精简的代码展示生信分析的全部流程

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使用GEOquery 下载并读取数据

在R里使用GSE号和GEOquery包从GEO数据库上直接下载是最推荐使用下载方式

代码框一为精简模式。使用以上代码就可以将GSE42872数据下载到R里当前工作目录并赋值给eSet，下载完成后要注意检查数据文件的完整性

代码框二为各种较为复杂的情况。

library(GEOquery)
eSet <- getGEO("GSE42872", 
               destdir = '.',  #下载在当前目录
               getGPL = F) #平台信息不要

1 加载包 ----
library(GEOquery)

# 需引用的文献
citation(package = "GEOquery") 

2 getGEO 含单个数据集 GSE5327
GSE5327_1 <- getGEO(GEO = "GSE5327", destdir = "geo", getGPL =