使用GEOquery包下载原始数据

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生信分析第一步：R语言基础应用以及数据前处理

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• R包下载
• 使用GEOquery包下载原始数据
• 芯片数据读取
• GEOquery 一步下载并读取数据
• 提取GEO表达矩阵
• 提取GEO注释信息
• 提取GEO芯片样本及临床信息

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前言

用最精简的代码展示生信分析的全部流程

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一、使用GEOquery包下载原始数据

直接下载GSE文件

仅获取GSE下载链接

直接下载GPL数据

仅获取GPL下载链接

下载GPL注释表格

1 加载包 ----
library(GEOquery)

2 GSE数据，以GSE42872为例 ----
# https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE42872

2.1 直接下载文件到当前工作目录下 ----

getGEOSuppFiles("GSE42872", baseDir ="geo", makeDirectory = T)  # 新建一个文件夹
getGEOSuppFiles("GSE