生信分析之R语言常用R包一步下载

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生信分析第一步：R语言基础应用以及数据前处理

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• R包下载
• 使用GEOquery包下载原始数据
• 芯片数据读取
• GEOquery 下载并读取数据
• 提取GEO表达矩阵
• 提取GEO注释信息
• 提取GEO芯片样本及临床信息

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前言

用最精简的代码展示生信分析的全部流程

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一、如何一步安装生信所有R包

生信分析过程中会用到各种各样的R包。当我们在全身心投入到数据分析的工作中，突然发现有个R包尚未安装，而安装过程又费时费力还往往出现安装错误，这会很影响我们的工作效率。本节代码可以一步安装我们生信分析中遇到的95%的R包，做好前期准备工作，会让我们以后的分析畅通无阻。

首先安装BiocManager，若已安装则跳过
  if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) { 
    install.packages("BiocManager",ask = F, update = F)
  }
  
安装stringr，若已安装则跳过
  if (!requireNamespace("stringr", quietly = TRUE)) { 
    install.packages("stringr",ask = F, update = F)
  }
  
去重，识别有无github格式的安装包
  pkgs <- unique(pkgs)
  pk