提取GEO芯片样本及临床信息

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生信分析第一步：R语言基础应用以及数据前处理

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• R包下载
• 使用GEOquery包下载原始数据
• 芯片数据读取
• GEOquery 下载并读取数据
• 提取GEO表达矩阵
• 提取GEO注释信息
• 提取GEO芯片样本及临床信息

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前言

用最精简的代码展示生信分析的全部流程

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一、提取GEO芯片样本及临床信息 

#### 1 clinical data from pData ----
library(GEOquery)
# gse <- getGEO("GSE5327", destdir = "geo", getGPL = F)
# pd <- phenoData(gse[[1]]) phenoData用法不常见

gse1 <- getGEO(filename = "geo/GSE5327_series_matrix.txt.gz",  getGPL = F )
pd1 <- pData(gse1)

#### 2 targets data from pData ----
GSE29450_sm <- getGEO(filename = "affymetrix/GSE29450/GSE29450_series_matrix.txt.gz",
                           getGPL = F)

library(tidyverse)
GSE29450_targets <- pData(GSE29450_sm) %>%
  dplyr::select(sample_