linux conda环境中安装最新的R

一、创建环境，命名为R44

conda create -n R44

二、激活conda环境

conda activate R44

三、添加一些conda channel

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
conda config --show

四、搜索R安装包

conda search r-base

五、安装需要的安装包

conda install r-base=4.3.1

六、查看R安装位置

whereis R

七、将安装R的绝对路径添加到.bashrc中的环境变量中$PATH

 进入编辑模式 

vim .bashrc

插入下面代码 

# Source global definitions
if [ -f /etc/bashrc ]; then
. /etc/bashrc
fi
export PATH=/home/jkzhang/.conda/envs/R44/bin:$PATH

按Esc输入

: wq 

退出并保存修改之后的文件

source .bashrc 

更新 .bashrc

八、进入R

R

九、查看现有镜像

options()$repos

十、增加镜像

打开文件

file.edit(file.path("~",".Rprofile")) 

插入镜像

options("repos"=c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/","https://mirrors.pku.edu.cn/CRAN/","The Comprehensive R Archive Network","http://mirrors.aliyun.com/CRAN"))
print("已设置清华、北大、阿里镜像——持粥泛舟")

退出R

q()

重新进入R，并查看镜像

十一、 安装BiocManager

if (!require("BiocManager",quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(version ="3.18")

十二、安装R包

install.packages("package_name")

或者

library(BiocManager)
BiocManager::install("package_name")