Linux 中conda 安R

最新推荐文章于 2024-04-29 11:06:48 发布

生信~鱼

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文章标签： conda python linux

原文链接：https://zhuanlan.zhihu.com/p/456714580

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安装Miniconda,这里用的是清华镜像源：Index of /anaconda/miniconda/ | 清华大学开源软件镜像站 | Tsinghua Open Source Mirrorhttps://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/

按时间排序，选择最新的Linux-x86_64.sh，右击复制链接。

在用户目录下下载。

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

等待。下载完成后用bash安装。

bash Anaconda3-2020.07-MacOSX-x86_64.sh

安装时需要一些同意。按需要进行<enter>或者输入yes。

Please, press ENTER to continue
>>> <enter>
······
--More--
······
Do you accept the license terms? [yes|no]
[no] >>> 
Please answer 'yes' or 'no':'
>>> yes

下一步为安装位置确认，位置默认为用户目录下的anaconda3文件夹。

Anaconda3 will now be installed into this location:
/home/test/anaconda3

  - Press ENTER to confirm the location
  - Press CTRL-C to abort the installation
  - Or specify a different location below

[/home/test/anaconda3] >>>

一般选择默认路径，如想更改在后面输入自己想添加到的路径位置即可。如：/home/data/conda3 ，直接<enter>。

下一步为是否init。init能够帮助你解决环境变量的问题。所以依旧yes。

Do you wish the installer to initialize Anaconda3
by running conda init? [yes|no]
[no] >>> yes


If you'd prefer that conda's base environment not be activated on startup, 
   set the auto_activate_base parameter to false: 

conda config --set auto_activate_base false

Thank you for installing Anaconda3!

安装完毕之后，重连服务器或者运行 . ~/.bashrc，之后会出现，(base) [test@VM-0-7-centos ~]$。

前面的(base)表明你已经激活anaconda3的base环境，使用conda config --set auto_activate_base false可以阻止该环境的自动激活。

按照清华镜像的 anaconda help 配置镜像地址。

在用户目录下新建.condarc文件。

cd ~
vim .condarc
<i>

输入以下内容。

channels:
  - defaults
show_channel_urls: true
channel_alias: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda
default_channels:
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/pro
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2
custom_channels:
  conda-forge: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  msys2: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  bioconda: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  menpo: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  pytorch: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  simpleitk: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud

保存。

<:>
<w>
<q>
<enter>

此时查看config内容，可以看到默认channel（镜像）已经改变。

conda config --show

之后也可以再添加一些其他想要的镜像源，比如直接在conda里面输入如下代码即可：

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --set show_channel_urls yes

像删除已添加的镜像源，可以：

conda config --remove channels 源名称或链接

显示添加的源通道

显示添加的源通道
conda config --show-sources

安装R环境

新建一个环境Renv，环境是为了避免版本及依赖冲突。

conda create --name Renv

提示中出现。

## Package Plan ##

  environment location: /home/test/anaconda3/envs/Renv

Proceed ([y]/n)? y

environment location表明了环境的存储位置。按y同意。

安装结束后，激活该环境。

(base) [test@VM-0-7-centos etc]$ conda activate Renv
(Renv) [test@VM-0-7-centos etc]$

此时前缀更改为(Renv)。

安装R。

#查看镜像中是否有R4.0版本

conda search R

该命令表示从conda-forge拉取4.0版本的r-base进行安装，也可以选择3.6等其他版本。

conda install -c conda-forge r-base=4.0

可以看到依赖的库有点多。大致看一下。

The following packages will be downloaded:

    package                    |            build
    ---------------------------|-----------------
    gcc_impl_linux-64-7.5.0    |      hdb87b24_16        38.4 MB  conda-forge
    gcc_linux-64-7.5.0         |      hf34d7eb_28          23 KB  conda-forge

    gfortran_impl_linux-64-7.5.0|      h1104b78_16         9.0 MB  conda-forge
    gfortran_linux-64-7.5.0    |      ha781d05_28          22 KB  conda-forge

    libgcc-ng-9.3.0            |      h24d8f2e_16         7.8 MB  conda-forge
    libgfortran-ng-7.5.0       |      hdf63c60_16         1.3 MB  conda-forge

    lz4-c-1.9.2                |       he1b5a44_3         203 KB  conda-forge
    make-4.3                   |       h516909a_0         505 KB  conda-forge
    ncurses-6.2                |       he1b5a44_1         993 KB  conda-forge
    openssl-1.1.1h             |       h516909a_0         2.1 MB  conda-forge

    pip-20.2.3                 |             py_0         1.1 MB  conda-forge
    pixman-0.38.0              |    h516909a_1003         594 KB  conda-forge
    pthread-stubs-0.4          |    h14c3975_1001           5 KB  conda-forge
    python-3.8.5               |h1103e12_8_cpython        22.0 MB  conda-forge
    python_abi-3.8             |           1_cp38           4 KB  conda-forge
    r-base-4.0.2               |       he766273_1        23.6 MB  conda-forge

    zlib-1.2.11                |    h516909a_1009         106 KB  conda-forge
    zstd-1.4.5                 |       h6597ccf_2         712 KB  conda-forge
    ------------------------------------------------------------
                                           Total:       230.0 MB

可以看到，环境在安装python和r-base的同时，也会安装gcc gfortran openssl make zlib等常用系统库。所以Anaconda解决系统依赖的办法很直接，系统没有，就自己装一个。

按y同意。

安装好之后，输入R试一下。

(Renv) [test@VM-0-7-centos ~]$ R

R version 4.0.2 (2020-06-22) -- "Taking Off Again"
Copyright (C) 2020 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-conda_cos6-linux-gnu (64-bit)

看一下library的位置。

> .libPaths()
[1] "/home/test/anaconda3/envs/Renv/lib/R/library"

退出看看R在哪。

(Renv) [test@VM-0-7-centos ~]$ which R
~/anaconda3/envs/Renv/bin/R

R在Renv的bin文件夹中，当Renv被激活时，直接输入R进入，而当环境没有被激活时，可以直接绝对路径使用R。

给R也配置一下镜像CRAN和Bioconductor

先来到R安装的位置。

(Renv) [test@VM-0-7-centos ~]$ cd /home/test/anaconda3/envs/Renv/lib/R/
(Renv) [test@VM-0-7-centos R]$ ls
bin  COPYING  doc  etc  include  lib  library  modules  share  SVN-REVISION

可以看出这里和正常安装R的安装目录结构差不多。

进入etc文件夹后，新建一个Rprofile.site文件（该文件为R启动初期必须执行的文件）。

cd etc
vim Rprofile.site
<i>

输入以下内容，此处也可以提供非内置包的安装位置。

options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")

保存。

<:>
<w>
<q>
<enter>

进入R，看一下配置成功与否。

> options()$repos
                                        CRAN 
"https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"

这之后我们就可以愉快的安装包了。

install.packages('Seurat')

2 shell界面双R版本的切换，如果你conda有两个R版本，想来会切换怎么做？

比如：

#R3.6 /usr/bin/R R包有上面4个地方

#R4.0 /home/scR2021/miniconda3/bin/R

可以添加缩写以示区分：在/home/scR2021路径下搜索.bashrc文件，然后进入编辑，复制下面两句话添加到文件里面

alias R3='/usr/bin/R'

alias R4='/home/scR2021/miniconda3/bin/R'

保存退出，在conda中输入

scR2021@iZ0jlac7d4cxlrxfyzxkgoZ:~$ source ~/.bashrc

scR2021@iZ0jlac7d4cxlrxfyzxkgoZ:~$ R3

#R version 3.6.3 (2020-02-29)

scR2021@iZ0jlac7d4cxlrxfyzxkgoZ:~$ R4

#R version 4.0.3 (2020-10-10)

shell界面里面双R版本及包的安装路径配置完毕！！！根据需求调用不同的R版本。

参考：

2020-021 Anaconda装R - 知乎 (zhihu.com)

Rstudio Server 不同R版本配置和切换 - 腾讯云开发者社区-腾讯云 (tencent.com)

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Linux中conda安装R，及如何切换R版本
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