如何理解monophyly单系性

蒸饺不是很沾

于 2022-06-17 11:27:04 发布

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分类专栏：生物/生信相关知识点文章标签：其他

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本文深入探讨了单系群、并系群和复系群的概念，通过图表解释了如何判断单系性的标准。文章引用了一篇关于大型真核DNA病毒的研究，展示了如何根据病毒特征判断单系群的强弱。总结中强调了单系群的特征在于其成员共享的共同衍征，而并非共同祖征。

摘要由CSDN通过智能技术生成

monophyly

中文：单系统，单系性

参考知乎上关于【对单系群、并系群、复系群概念的深入理解】

对单系群、并系群、复系群概念的深入理解 - 知乎

写得很详细，读完后的理解如下，先贴一张图

【本图来自知乎内容截图自行拼接】

我目前的理解是，如果最小共同祖先的性状与其祖先一致，是共同祖征，是并系群；如果最小共同祖先的性状与其祖先不一致，是共同衍征，是单系群。

如果是单系群，则具有单系性monophyly。

如Summary中的图，如果把字母想象为孩子，最小共同祖先想象为爸爸，那么主要是看爷爷的特征是否与爸爸一致。

ABC图中只显示到爸爸，因此没法确定是单系群，认为是并系群。

DEFGH可以看到爸爸是衍征2，爷爷是衍征1，爸爸与爷爷不同，所以DEFGH可以构成单系群。

JK可以看到爸爸是衍征1，爷爷是衍征1，爸爸和爷爷相同，所以是并系群。

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这里看一篇实际文献中用到单系性monophyly的例子，

Iyer LM, Aravind L, Koonin EV. Common origin of four diverse families of large eukaryotic DNA viruses. J Virol. 2001;75(23):11720-11734. doi:10.1128/JVI.75.23.11720-11734.2001

Common Origin of Four Diverse Families of Large Eukaryotic DNA Viruses - PMC

文章题目是Common Origin of Four Diverse Families of Large Eukaryotic DNA Viruses，四个不同家族的大型真核 DNA 病毒的共同起源

In addition, there was a weaker support for the monophyly of the animal viruses (poxviruses plus ASFV plus iridoviruses), to the exclusion of the phycodnaviruses, by six synapomorphies. 此外，动物病毒(痘病毒+ ASFV +虹色病毒)的单系性支持较弱，以6个突触形排除了藻病毒。

可以看到对应的三个黄色框没有出现明显的共同祖先【爸爸】，因此不能算为单系群，是单系性较弱的表现。

As expected, the monophyly of the so-called phycodnavirus clade (PBCV plus ESV) and the poxvirus clade (entomopox viruses plus chordopoxviruses) was strongly supported.正如预期的那样，所谓的藻病毒支(PBCV + ESV)和痘病毒支(虫痘病毒+ chordopoxvirus)的单系性得到了强有力的支持。