假设我写了一段C++循环代码,我希望对这段代码做 profiling,计算出每次循环需要消耗的指令 cycle 数。我应该如何实现这种 profiling?

为了对你编写的C++循环代码进行profile并计算每次循环消耗的指令周期数,可以采用以下步骤:

  1. 使用硬件性能计数器
    使用 rdtsc 指令
    rdtsc(读时间戳计数器)指令可以返回一个64位时间戳计数器的值,这个计数器从系统启动时开始计数,可以用于非常精确的时间测量。你可以在循环的起点和终点分别调用它,然后计算差值来了解每次迭代所消耗的周期数。
#include <iostream>
#include <memory.h>
#include <string.h>
#include <cstdint>

inline uint64_t rdtsc() {
    unsigned int lo, hi;
    // Serialize
    __asm__ __volatile__ ("cpuid" : : : "%rax", "%rbx", "%rcx", "%rdx");
    // Get the time-stamp counter
    __asm__ __volatile__ ("rdtsc" : "=a"(lo), "=d"(hi));
    return (static_cast<uint64_t>(hi) << 32) | lo;
}

void profiled_loop(int v[], int iterations, int &n, int r[]) {
    uint64_t start = rdtsc();
    for (int i = 0; i < iterations; ++i) {
#if 0
      if (v[i] < 1) { r[n++] = i; }
#else
      r[n] = i; n += (v[i] < 1);
#endif
    }
    uint64_t end = rdtsc();
    std::cout << "Cycles per iteration: "
              << (end - start) / static_cast<double>(iterations)
              << std::endl;
}

int main() {
    const int iterations = 100000000; // Number of loop iterations
    int *v = (int *)malloc(sizeof(int) * iterations);
    int *k = (int *)malloc(sizeof(int) * iterations);
    memset(v, sizeof(int) * iterations, 0);
    memset(k, sizeof(int) * iterations, 0);
    int n = 0;
    for (int i = 0; i < iterations; ++i) {
      v[i] = (i % 5 == 0);
    }
    profiled_loop(v, iterations, n, k);
    std::cout << n << std::endl;
    return 0;
}

  1. 高级分析工具

使用 perf 工具 (Linux)
perf 是一个 Linux 性能分析工具,可以对运行时程序进行详细的硬件事件分析,例如 CPU cycles。

编译你的程序:
g++ -o my_program my_program.cpp
使用 perf 工具运行你的程序并收集数据:
perf stat ./my_program
perf stat 将会报告各种性能计数,包括指令周期数。

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### 回答1: 当然,以下是下载并分析TCGA据的R语言代码示例: ``` # 安装并加载TCGAbiolinks包 if (!require("TCGAbiolinks")) { install.packages("TCGAbiolinks") library("TCGAbiolinks") } # 下载TCGA据 data <- GDCdownload(gdc_platform="Illumina HiSeq", gdc_disease="Breast Invasive Carcinoma", gdc_data_category="Transcriptome Profiling", gdc_file_type="htseq.counts") # 据分析 data_filtered <- data[rowSums(data) >= 500, ] data_log2 <- log2(data_filtered + 1) data_normalized <- t(scale(t(data_log2))) # 可视化 library("pheatmap") pheatmap(data_normalized, show_rownames = FALSE, color = colorRampPalette(c("blue", "white", "red"))(100)) ``` 这份代码会安装并加载 TCGAbiolinks 包,然后通过 `GDCdownload` 函下载Breast Invasive Carcinoma(乳腺浸润性癌)疾病的Illumina HiSeq平台的转录组据,并以htseq.counts文件类型存储。接着,通过据分析和可视化,我们可以比较方便地查看据的分布情况。 ### 回答2: 要编一个使用R语言来下载和分析TCGA据的代码,你可以按照以下步骤进行: 1. 安装和加载必要的R包: ```R install.packages("tCGA") install.packages("TCGAbiolinks") library(tCGA) library(TCGAbiolinks) ``` 2. 下载TCGA据: ```R # 设定要下载的癌症类型和据类型 cancer_type <- "BRCA" data_type <- "Gene expression" # 下载指定类型的据 data <- TCGAbiolinks::TCGAquery_subtype(cancer_type, data_type) ``` 3. 据清洗和预处理: ```R # 读取并整理据 expression_data <- TCGAbiolinks::TCGAquery_MutationSlots(data) expression_matrix <- TCGAbiolinks::cleanTCGAData(expression_data) # 据标准化 normalized_matrix <- TCGAbiolinks::normalizeQuantile(expression_matrix) ``` 4. 据分析和可视化: ```R # 进行差异表达分析 diff_genes <- TCGAbiolinks::diffExpr(normalized_matrix, c("Tumor", "Normal"), method = "t-test", pval = 0.05, logFC = 1) # 绘制差异表达基因的热图 TCGAbiolinks::heatmapPlot(diff_genes, color = "blue") # 绘制差异表达基因的火山图 TCGAbiolinks::volcanoPlot(diff_genes, FDR = 0.05, logFC = 1) ``` 以上代码演示了如何使用R语言来下载TCGA据,并进行据清洗、标准化和分析。你可以修改代码中的癌症类型和据类型,以适应你的分析需求。希望能对你有所帮助! ### 回答3: 当然可以帮你一段用R语言下载和分析TCGA据的代码。首先,你需要安装并加载TCGAbiolinks和SummarizedExperiment这两个R包,它们可以帮助你下载和处理TCGA据。 下载据的步骤如下: 1. 设置你要下载的据的信息,例如癌症类型、基因据等。你可以通过阅读TCGAbiolinks的文档来了解如何设置这些信息。 2. 使用`GDCquery`函来查询要下载的据。 3. 使用`GDCdownload`函来下载据文件。你可以使用`query`参指定之前查询得到的结果。 4. 使用`GDCprepare`函将下载的据转换为SummarizedExperiment对象,方便进行后续分析。 接下来是分析据的代码示例: 1. 使用`library()`函加载所需的R包,例如limma、DESeq2等。 2. 使用`read.table`函读取下载的据文件。 3. 对据进行一些必要的预处理,例如去除控制组、标准化等。 4. 使用所选的统计方法对据进行分析,例如差异表达分析、生存分析等。 5. 根据需求画结果的可视化图形,例如热图、生存曲线等。 这只是一个简单的框架,你可以根据自己具体的需求和所下载的据类型进行进一步的代码和分析。希望这段代码能够帮助你进行TCGA据的下载和分析。

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