samtools 生成bcf文件报错：[bcf_sync] incorrect number of fields (0 != 5) at 0:0

起源

用samtools 生成bcf文件，命令如下

samtools mpileup -ABuf ref.fa L.bam >L.raw.bcf

错误

输出文件一直增大。但是bcf文件内容只有表头，bcf文件有一行以下信息

[bcf_sync] incorrect number of fields (0 != 5) at 0:0

提示如下：

/opt/gridengine/default/spool/node179/job_scripts/373553: line 4: syntax error: unexpected end of file

解决

尝试好久，换了一个版本的samtools，既然成功了，
之前版本 samtools-1.3.1 换成 0.1.18
原因暂时不明，怀疑如下：
1：版本
2：安装编译问题