conda安装samtools之后报错缺少libxxx
samtools当初的安装方式
conda install -c bioconda samtools
当时显示是安装成功了
报错的情况
当运行 samtools的时候,就会报错缺少libxxxx,还有file not find
samtools -v
samtools: error while loading shared libraries: libtinfow.so.5: cannot open shared object file: No such file or directory
并且当使用conda search samtools的时候会报错说,找不到这个package。
解决方式
通过anoconda搜索samtools包
anaconda search -t conda samtools
然后找到bioconda确实是提供samtools的,就再通过
anaconda show bioconda/samtools
查看bioconda 中samtools的版本情况
找到一个比较高级但是又没那么新的包
conda install -c bioconda samtools=1.12 --force-reinstall
安装完了之后就可以正常运行了。