interproscan的Linux安装

interproscan软件的安装可以完全按照InterProScan说明文档中的教程来操作：https://interproscan-docs.readthedocs.io/en/latest/index.html

不管是在conda环境下，还在其他环境下面，在安装InterProScan之前，需要检查安装环境是否具有如下程序：

64-bit LinuxPerl 5 (default on most Linux distributions)Python 3 (InterProScan 5.30-69.0 onwards)Java JDK/JRE version 11 (InterProScan 5.37-76.0 onwards)Environment variables set$JAVA_HOME should point to the location of the JVM$JAVA_HOME/bin should be added to the $PATH

perl，python3和java jdk的安装我是用的conda，很方便。

配置好环境后，可以按照如下命令检查：

检查linux：

uname -a

检查perl语言：

perl -version

检查python：

python3 --version

检查java：

java -version

配置好所需的环境后，在官网Index of /pub/software/unix/iprscan/5 (ebi.ac.uk) 下载interproscan安装包。最新版本是interproscan-5.67-99.0，但是我下了以后安装的时候总报错，用md5文件检查提示文件不完整。所以我换了版本，下载了interproscan-5.54-87.0安装包。

为了避免后续因为下载不完整，导致运行或者安装不成功，强烈建议使用md5sum检查是否下载完整。

wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/unix/iprscan/5/5.52-86.0/interproscan-5.52-86.0-64-bit.tar.gz #下载安装包
wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/unix/iprscan/5/5.52-86.0/interproscan-5.52-86.0-64-bit.tar.gz.md5 #下载md5文件以检查安装包完整性

用md5sum-c 检查完整性，出现OK即为下载完整。

解压下载的安装包并用python3安装。安装过程有些慢，需要耐心等待一二十分钟。

tar -pxvzf interproscan-5.54-87.0-64-bit.tar.gz #解压

python3 initial_setup.py #安装

运行interproscan

./interproscan.sh

如图，安装成功！