蛋白序列GO号注释及问题

#===============================      版本1  ===============================================
InterProScan的三种使用方法
Interproscan,通过蛋白质结构域和功能位点数据库预测蛋白质功能。是EBI开发的一个集成了蛋白质家族、结构域和功能位点的非冗余数据库。Interproscan整合了一些使用最普及的一些数据库，并应用于功能未知的蛋白进行Interpro注释和GO注释。
以下介绍3中interpro注释的方法：

三、本地化的InterProScan注释
3.1 本地化的InterProScan安装与配置

3.1.1 从ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/interpro/iprscan下载以下5个文件：

RELEASE/latest/iprscan_v4.8.tar.gz
BIN/4.x/iprscan_bin4.x_[PLATFORM].tar.gz
DATA/iprscan_DATA_[LATESTDATAVERSION].tar.gz
DATA/iprscan_PTHR_DATA_[LATESTDATAVERSION].tar.gz
DATA/iprscan_MATCH_DATA_[LATESTDATAVERSION].tar.gz

3.1.2 将5个文件解压到一个文件夹中，然后运行其中的文件Config.pl，来对InterProScan进行配置。
3.1.3 配置的过程中，若选择进行本地web配置，则修改本地www服务的配置文件，以能进行本地化网页版的运行。
3.2 本地化InterProScan的使用。
3.2.1 命令行运行iprscan的方法：

$bin/iprscan -cli -iprlookup -goterms -format xml -i test.fasta -o test.out

# help

http://www.chenlianfu.com/?tag=iprscan

 

该模块中XML::Parser    XML::Parser::Expat 这两个模块，后一个必须先安装，后续一个接着安装，由于是C层面的模块，需要安装一些东西

 Expat must be installed prior to building XML::Parser and I can't find it in the standard library directories. Install 'expat-devel' (or 'libexpat1-dev') package

小提示： （root或者sudo权限）  yum 或者 apt-get install expat-devel  （具体版本具体办）

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https://github.com/ebi-pf-team/interproscan/wiki   原文链接

第一步： 环境配置

Software requirements:

• 64-bit Linux
• Perl (default on most Linux distributions)
• Python 2.7.x only
• Oracle's Java JDK/JRE version 8 (required by InterProScan 5.17-56.0 onwards). Earlier InterProScan release versions required Java 6 (version 6u4 and above) or Java 7.
• Environment variables set
  • $JAVA_HOME should point to the location of the JVM

                    $JAVA_HOME/bin should be added to the $PATH

第二步： 数据下载

wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/soft