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RSS订阅原创 markdown书写以及图片上传到阿里云oss
Markdown的编写对比了很多的 markdown软件，比如小书匠等等，发现还是typora最好用了官网上直接下载windows版本就可以了。固定一个windows本地文件夹作为博客保存的文件夹使用非常的简单，唯一的问题就是图片不能自动上传到想要的图床markdown图片上传到图床一开始用的是sm.ms 确实挺好用的，但是用免费的我总是不放心，因此选择使用阿里云oss， 正好博客用的...
2019-12-28 14:17:29
1134
原创 postgresql数据库在docker下重新部署的bug
重新部署docker-compose down 修改了代码之后，发现直接启动会报错！报错的原因是初始化的/var/lib/postgresql/data这个文件已经存在，一脸懵逼Debug的心路历程然后把container 和images全部重新装次，结果还是这个报错，后面想是不是挂载的然后想着是不是postgresql初始化的问题，学了下postgresql的initdb ，一脸懵...
2019-12-18 23:33:18
348
原创 python-对类变量的浅拷贝
python 对于不可变的变量赋值 ，比如字符串，整数，元组，都是直接进行深拷贝，也就是新建一个地址Python中对象的赋值都是进行对象引用（内存地址）传递class ListNode: def __init__(self, x): self.val = x self.next = Noneval1 = ListNode(1)val2 = List...
2019-12-04 10:32:17
190
原创 1. 两数之和
1. 两数之和给定一个整数数组 nums 和一个目标值 target，请你在该数组中找出和为目标值的那 两个 整数，并返回他们的数组下标。你可以假设每种输入只会对应一个答案。但是，你不能重复利用这个数组中同样的元素。示例:给定 nums = [2, 7, 11, 15], target = 9因为 nums[0] + nums[1] = 2 + 7 = 9所以返回 [0, 1]cla...
2019-12-01 11:27:55
122
原创 二叉树的前中后序遍历-非递归
144. 二叉树的前序遍历给定一个二叉树，返回它的 前序 遍历。示例:输入: [1,null,2,3] 1 \ 2 / 3 输出: [1,2,3]/** * Definition for a binary tree node. * public class TreeNode { * int val; * TreeN...
2019-12-01 11:26:55
131
原创 基于快排的TOP K 问题
类似于快速排序，首先选择一个划分元，如果这个划分元的序号index刚好等于k，那么这个划分元以及左边的数，刚好组成了top-k small data;如果index>k, 那top-k small data在index的左边，那么就继续递归从index-1和数中选取top-k.如果index < k,那么说明还要从index的右边，选取top-(k-index) small data....
2019-11-20 17:39:41
270
原创 判断是不是二叉搜索树
给定一个二叉树，判断其是否是一个有效的二叉搜索树。假设一个二叉搜索树具有如下特征：节点的左子树只包含小于当前节点的数。节点的右子树只包含大于当前节点的数。所有左子树和右子树自身必须也是二叉搜索树。示例 1:输入: 2 / \ 1 3输出: true示例 2:输入: 5 / \ 1 4 / \ 3 6输出: fa...
2019-11-20 17:38:05
219
原创 判断是不是平衡二叉树
给定一个二叉树，判断它是否是高度平衡的二叉树。本题中，一棵高度平衡二叉树定义为：一个二叉树每个节点 的左右两个子树的高度差的绝对值不超过1。示例 1:给定二叉树 [3,9,20,null,null,15,7] 3 / \ 9 20 / \ 15 7返回 true 。示例 2:给定二叉树 [1,2,2,3,3,null,null,4,4] ...
2019-11-20 17:36:29
66
原创 二叉树的Z字型打印
给定一个二叉树，返回其节点值的锯齿形层次遍历。（即先从左往右，再从右往左进行下一层遍历，以此类推，层与层之间交替进行）。例如：给定二叉树 [3,9,20,null,null,15,7], 3 / \ 9 20 / \ 15 7返回锯齿形层次遍历如下：[ [3], [20,9], [15,7]]跟层序遍历一样，加一个判断//关键步...
2019-11-20 17:33:18
578
原创 二叉树的高度 leetcode 104
给定一个二叉树，找出其最大深度。二叉树的深度为根节点到最远叶子节点的最长路径上的节点数。说明: 叶子节点是指没有子节点的节点。示例： 给定二叉树 [3,9,20,null,null,15,7]，/** * Definition for a binary tree node. * public class TreeNode { * int val; * TreeN...
2019-11-20 17:22:11
128
原创 pymongo学习笔记
MongoDB基本概念连接数据库######### 方法一 ##########import pymongo# MongoClient()返回一个mongodb的连接对象clientclient = pymongo.MongoClient(host="localhost",port=27017)######### 方法二 ##########import pymongo...
2019-11-10 15:41:12
822
原创 python配置虚拟环境
之前写python脚本，切换不同的服务器，账号，和anaconda 之类的python就会导致总是要重新pip一下新的插件，很麻烦，版本也不一样，可能会影响别人，也会影响自己的项目因此用python的虚拟环境可以解决这个问题。利用venv命令步骤：1 新建一个目录，用来存放项目的 如/root/django_project。创建的django_project文件夹2 cd 进去3 使用...
2019-11-10 12:04:07
135
原创 notepad++ 远程连接阿里云服务器
在linux下编辑文档太麻烦了， 试sublime 还是觉得notpad++远程最方便下载插件搜索NPPFTP安装， 安装过程有点慢， 会自动重启，自己手动重启无效配置远程登录点击然后进行配置连接方式选择SFTP, 路径选择自己想要连接的目录.点击红框就可以了 。操作方式跟本地文件差不多， 下载和保存都是自动的，非常的方便...
2019-11-10 11:40:55
395
原创 MongoDB学习
MongoDB学习记录安装直接安装sudo apt-get install mongodbmongodb基本操作database基本操作创建数据库use tangxing插入数据db.tangxing.insert({"name":'tangxing'})删除数据库db.dropDatabase()删除集合db.collection.drop()...
2019-11-10 11:23:01
85
原创 Django配置虚拟环境-01
今天开始学习Django的配置，目的是搭建一个博客，预计还要学习Docker , mysql/mongodb , Nginx ，前端的HTML，XML等等知识 ，想实现更换服务器也能一键搭建blog的效果。 先完整的搭建一个博客，再去自己更改自己想要的效果。学习参考:https://www.dusaiphoto.com/ ，跟着博主一步步学习的，加入了自己的思考环境搭建使用阿里云从头搭建Dj...
2019-11-10 10:25:16
340
原创 单例模式总结
单例模式所谓类的单例设计模式，就是采取一定的方法保证在整个的软件系统中，对某个类只能存在一个对象实例，并且该类只提供一个取得其对象实例的方法(静态方法)。单例模式有八种方式：1) 饿汉式(静态常量)2) 饿汉式（静态代码块）懒汉式(线程不安全)懒汉式(线程安全，同步方法)懒汉式(线程安全，同步代码块)6) 双重检查7) 静态内部类8) 枚举饿汉式(线程安全)...
2019-11-07 10:13:44
119
原创 175.组合两个表-leetcode
175. 组合两个表表1: Person+-------------+---------+| 列名 | 类型 |+-------------+---------+| PersonId | int || FirstName | varchar || LastName | varchar |+-------------+---------...
2019-11-07 09:31:08
149
原创 110.平衡二叉树-leetcode
110. 平衡二叉树给定一个二叉树，判断它是否是高度平衡的二叉树。本题中，一棵高度平衡二叉树定义为：一个二叉树每个节点 的左右两个子树的高度差的绝对值不超过1。示例 1:给定二叉树 [3,9,20,null,null,15,7] 3 / \ 9 20 / \ 15 7返回 true 。示例 2:给定二叉树 [1,2,2,3,3,null,n...
2019-11-07 09:29:52
86
原创 104二叉树的高度-leetcode
104.二叉树树的高度104. 二叉树的最大深度给定一个二叉树，找出其最大深度。二叉树的深度为根节点到最远叶子节点的最长路径上的节点数。说明: 叶子节点是指没有子节点的节点。示例：给定二叉树 [3,9,20,null,null,15,7]， 3 / \ 9 20 / \ 15 7返回它的最大深度 3 。使用递归/** * Definit...
2019-11-07 09:29:21
151
原创 102.二叉树的层序遍历 leetcode
102.二叉树的层序遍历102. 二叉树的层次遍历给定二叉树[3,9,20,null,null,15,7] 3 / \ 9 20 / \ 15 7返回层序遍历结果[ [3], [9,20], [15,7]]思路：利用队列来完成，如果根节点为非空， 根节点入队， 一直遍历当前层次的节点class Solution{ publ...
2019-11-06 14:28:40
150
原创 leetcode- 二叉树的前中后序遍历
144.二叉树的前序遍历144. 二叉树的前序遍历给定一个二叉树，返回它的前序遍历示例输入: [1,null,2,3] 1 \ 2 / 3 输出: [1,2,3]递归/** * Definition for a binary tree node. * public class TreeNode { * int val; *...
2019-11-05 21:36:00
70
原创 java集合框架初学
概览集合类放在java.util包中，主要有3种： set, list,mapCollection : 是List, Set, Queue的最基本的接口Iterator: 迭代器， 可通过迭代器遍历集合中的数据Map : 是映射表的基础结构CollectionsCollection：|–List：有序(元素存入集合的顺序和取出的顺序一致)，元素都有索引。元素可以重复。|–Se...
2019-11-05 15:56:03
161
原创 JVM垃圾回收学习总结
垃圾回收程序计数器、虚拟机栈、本地方法栈随线程而生，也随线程而灭；栈帧随着方法的开始而入栈，随着方法的结束而出栈。这几个区域的内存分配和回收都具有确定性，在这几个区域内不需要过多考虑回收的问题，因为方法结束或者线程结束时，内存自然就跟随着回收了。而对于 Java 堆和方法区，我们只有在程序运行期间才能知道会创建哪些对象，这部分内存的分配和回收都是动态的，垃圾收集器所关注的正是这部分内存。判断...
2019-11-05 11:26:55
87
原创 JVM内存区域
JVM内存区域程序计数器可以看做当前线程执行的字节码的行号指示器，可以记录正在执行虚拟机字节码的指令的地址（如果执行的是本地方法则为空）特点线程私有不会内存溢出虚拟机栈定义: 每个线程运行时需要的内存，成为虚拟机栈每个栈由多个栈帧组成，对应着每次方法调用时所占用的内存每个线程只能有一个活动栈（栈顶部的方法），对应着当当前正在执行的那个方法栈的结构： 先进...
2019-11-05 09:19:37
69
原创 matplotlib中的subplot()与subplots()
用法通常使用 fig, ax = plt.subplots() 可以创建多张子图，而plt.subplot() 通常用来区别各个子图# create a subplot with 2 rows and 1 columnsfig, ax = plt.subplots(2,1)fig = plt.figure() # create the canvas for plottingax1 = ...
2019-11-04 17:50:58
612
原创 pandas中的pd.qcut与pd.cut的区别
问题 pd.qcut与pd.cut的区别是什么直接给出代码factors = np.random.randn(30)pd.qcut(factors, 5).value_counts()[-2.578, -0.829] 6(-0.829, -0.36] 6(-0.36, 0.366] 6(0.366, 0.868] 6(0.868, 2.617]...
2019-11-04 17:50:53
356
原创 ggplot2画富集气泡图
用ggplot2来画富集分析图library(ggplot2) # 读取数据pathway = read.table("./qwe.txt",header=T,sep="\t") # 开始画图p = ggplot(pathway,aes(richFactor,Pathway))p + geom_point() # 改变点的大小p + geom_point(aes(size=I...
2019-11-04 17:50:43
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原创 python中的\__init__(self)
_init_(self)_init_ 能够初始化新创建的对象，在一个对像被创建之后会立即调用 class Ball: def __init__(self, name): self.name = name def kick(self): print ( "我叫%s啊啊啊" % self.name) ...
2019-11-04 17:50:18
708
原创 linux命令符修改
由于ubuntu本身的命令符不喜欢，于是搜索了下如何修改命令符PS1：就是用户平时的提示符。PS2：第一行没输完，等待第二行输入的提示符。Linux系统提示符是用系统变量PS1来定义的。一般系统默认的形式是：[username@host 工作目录]$.用echo $PS1可以得到PS1的值，即PS1="[\u@\h \w]"\$登录后可以更改PS1的显示样式，但是当退出重启登录进入系...
2019-11-04 17:50:08
341
原创 Linux添加环境变量
方法总结1.通过命名别名的方式来添加环境变量alias xx=' '2.直接用export命令export PATH=$PATH:/opt/au1200_rm/build_tools/bin3.修改profile文件#vi /etc/profile 在里面加入:export PATH="$PATH:/opt/au1200_rm/build_tools/bin"...
2019-11-04 17:49:51
134
原创 基因表达多矩阵合并为一个文件
HTSeq-count后产生多个gene表达的count文件，需要合并一下实际代码！/usr/bin/python3def combine_count(count_list): ##定义一个合并的函数 mydict={} #创建字典 for file in count_list: #读取count_list里面的每一个文件...
2019-11-04 17:48:53
1853
原创 knn简单使用
import numpy as npimport matplotlib.pyplot as pltraw_data_X = [[3.393533211, 2.331273381], [3.110073483, 1.781539638], [1.343808831, 3.368360954], [3.5822...
2019-11-04 17:48:39
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原创 pandas: 根据一列的条件来替换另一列的值
问题自己处理数据的时候遇到的问题 dataframe是这样的df.head(10)7 RT (min) Area (Ab*s) Quality patch similarity8 10.167 23278313 64 NaN NaN9 10.167 23278313 47 NaN NaN10 ...
2019-11-04 17:48:30
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原创 Pandas中的sort_values() 与sort_values().values的不同
实际例子text1 = texttext = text.apply( lambda x : x.sort_values())text1 = text1.apply( lambda x : x.sort_values().values)text.head()text1.head()2种不同的方法，得到的确实不同的结果text.head() Wave 2881.39453...
2019-11-04 17:48:18
990
原创 python中的继承
class Parent: def hello(self): print ("正在调用父类的方法")class Child(Parent): pass子类会继承父类的方法p = Parent()p.hello()正在调用父类的方法c = Child()c.hello()正在调用父类的方法子类同名函数会调用子类的方法class Chi...
2019-11-04 17:48:06
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原创 Pandas中的groupby以及agg,filter,transform对比
pd.groupby 作用pd.groupby 能将feature按不同类型分开import numpy as npimport pandas as pdimport matplotlib.pyplot as pltimport seaborn as snsdf_train = pd.read_csv("train.csv") # titanic数据查看统计df_train.gr...
2019-11-04 17:47:57
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原创 matplotlib 合并查看train和test数据集的null值
import numpy as npimport pandas as pdimport matplotlib.pyplot as pltimport seaborn as snsdf_train = pd.read_csv("train.csv") # titanic数据df_test = pd.read_csv("test.csv")df_train.head() ...
2019-11-04 17:47:36
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原创 富集全部表达基因
富集全部表达基因目的 偶然发现了某个基因很特别，所以想看看有没有其他的特别的基因。手上只有转录组的数据，之前做过差异基因的GO/KEGG分析，所以原理上不用差异基因，用全部基因也是可以做的，用的是无参的分析流程。流程原始数据的质量检测/过滤通过FastQC来查看数据质量，用Trimmomatics来过滤低质量的数据由于是无参考基因组，所以利用Trinity来组装出c...
2019-11-04 17:47:11
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原创 SRA数据下载以及转换格式
数据下载NCBI上下载SRA数据，首先要知道SRA号 ，找到sra编码的submission, 之后就可以直接在NCBI上的sra选项上搜索如图，点击Runinfo会得到excel文件，里面有各个sra文件的下载链接，用windows的下载软件或者linux下的wget, axel下载sra转fastq格式do /data1/tangx/software/sratoolkit.2.9...
2019-11-04 17:46:58
3151
原创 利用 TF-IDF 和Word Counts构建基础模型
TF-IDFdef number_normalizer(tokens): """ 将所有数字标记映射为一个占位符（Placeholder）。 对于许多实际应用场景来说，以数字开头的tokens不是很有用， 但这样tokens的存在也有一定相关性。 通过将所有数字都表示成同一个符号，可以达到降维的目的。 """ return ("#NUMBER" if to...
2019-11-03 21:22:14
523
空空如也
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