用ggplot2来画富集分析图
library(ggplot2)
# 读取数据
pathway = read.table("./qwe.txt",header=T,sep="\t")
# 开始画图
p = ggplot(pathway,aes(richFactor,Pathway))
p + geom_point()
# 改变点的大小
p + geom_point(aes(size=Input-number))
# 四维数据的展示
pbubble = p + geom_point(aes(size=Input-number,color=-1*log10(Qvalue)))
# 自定义渐变颜色
pbubble + scale_colour_gradient(low="green",high="red")
# 绘制pathway富集散点图
pr = pbubble + scale_colour_gradient(low="green",high="red") + labs(color=expression(-log[10](Qvalue)),size="Gene number",x="Rich factor",y="Pathway name",title="Top20 of pathway enrichment")
# 改变图片的样式(主题)
pr + theme_bw()
## 保存图片
ggsave("out.pdf") # 保存为pdf格式,支持 pdf,png,svg多重格式
ggsave("out.png") # 保存为png格式
ggsave("out2.png",width=4,height=4) # 设定图片大小