mym_74的博客

用ggplot2来画富集分析图library(ggplot2) # 读取数据pathway = read.table("./qwe.txt",header=T,sep="\t") # 开始画图p = ggplot(pathway,aes(richFactor,Pathway))p + geom_point() # 改变点的大小p + geom_point(aes(size=I...

HTSeq-count后产生多个gene表达的count文件，需要合并一下实际代码！/usr/bin/python3def combine_count(count_list): ##定义一个合并的函数 mydict={} #创建字典 for file in count_list: #读取count_list里面的每一个文件...

富集全部表达基因目的​ 偶然发现了某个基因很特别，所以想看看有没有其他的特别的基因。手上只有转录组的数据，之前做过差异基因的GO/KEGG分析，所以原理上不用差异基因，用全部基因也是可以做的，用的是无参的分析流程。流程原始数据的质量检测/过滤通过FastQC来查看数据质量，用Trimmomatics来过滤低质量的数据由于是无参考基因组，所以利用Trinity来组装出c...

数据下载NCBI上下载SRA数据，首先要知道SRA号 ，找到sra编码的submission, 之后就可以直接在NCBI上的sra选项上搜索如图，点击Runinfo会得到excel文件，里面有各个sra文件的下载链接，用windows的下载软件或者linux下的wget, axel下载sra转fastq格式do /data1/tangx/software/sratoolkit.2.9...

初始的代谢组数据如下用R包 pheatmap处理rm(list=ls())library(pheatmap) X = read.csv("C:/Users/tangxing/Desktop/111.csv",header = T)rownames(X) <- X[,1] #将行名设置为列表的行名X <- X[,-1] # 去掉第一行X<-log(X,10) # ...