基因表达多矩阵合并为一个文件

HTSeq-count后产生多个gene表达的count文件,需要合并一下

实际代码

/usr/bin/python3
def combine_count(count_list):   ##定义一个合并的函数
    mydict={}                    #创建字典
    for file in count_list:       #读取count_list里面的每一个文件
        for line in open(file,'r'):      #读取每一个文件里面的每一行
            #print(line)
            if line.startswith('E'):      #判断是不是每行的开头都是E
                key,value = line.strip().split('\t')  #读取文件内容到新的字典里; \t 是制表符;  split('\t)是去除制表符;strip()是去除字符串头尾的空格以及 \n, \t之类的
                if key in mydict:
                    mydict[key]=mydict[key] + '\t' + value      # 追加值    
                else:
                    mydict[key]=value              # 更新key的内容
    sorted_mydict = sorted(mydict)      #排序
    out = open('count_out.txt','w')     #open创建一个新的空文件
    
    for k in sorted_mydict:              
        #print(k,mydict[k])
        #break
        out.write(k+'\t'+mydict[k]+'\n')    # 写入已经排好序的内容
        
count_list=['SRR3589956.count', 'SRR3589957.count', 'SRR3589958.count']

combine_count(count_list)

        
            
  • 3
    点赞
  • 8
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 0
    评论
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值