pheatmap进行热图绘制

最新推荐文章于 2023-11-18 10:39:42 发布
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分类专栏： 生物信息 文章标签： R
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初始的代谢组数据如下

pgn

用R包 pheatmap处理

rm(list=ls())
library(pheatmap) 
X = read.csv("C:/Users/tangxing/Desktop/111.csv",header = T)
rownames(X) <- X[,1] #将行名设置为列表的行名
X <- X[,-1] # 去掉第一行
X<-log(X,10) #  将数值转换
X[sapply(X,is.infinite)]<- -3 # 替换负无穷为-3
pheatmap(X,cellwidth = 30, cellheight = 9,border_color="black") # 绘制热图

pgn

mym_74
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相关性热图的完美解决方案 -- pheatmap包
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相关性热图的完美解决方案 – pheatmap包 install.packages('pheatmap')# 安装包，加载数据 library(pheatmap) # 生成测试数据集 test = matrix(rnorm(200),20,10) # 取出1-10行，13579列，全部加3 test[1: 10, seq(1,10,2)] = test[1:10, seq(1, 10,2)]+3 # 取出11-20行，246810列，全部加1 test[11: 20, seq(2,10,2)] = tes
使用pheatmap画热图报错
aiden_Kao的博客
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使用pheatmap画热图报错 报错内容： Error in hclust(d, method = method) : 外接函数调用时不能有NA/NaN/Inf(arg10) 此外: Warning messages: 1: In dist(mat, method = distance) : 强制改变过程中产生了NA 2: In dist(mat, method = distance) : 强制改变过程中产生了NA 问题详述： 笔者今天先学习了一下R语言和Rstudio的关系，并了解了RStudio是R语言
知识分享|多组学相关性热图实操
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本篇文章给大家带来热图的实操，大家一定要动手实践起来哦！学会了的知识才是自己的！赶紧跟着小易学习起来吧！以微生物组与代谢组联合分析作为示例，带大家复现几种相关性热图！说明：第一列为代谢物id（或者名称），第一行为样本的名称，其他的为对应样本的代谢物的含量，表格用制表格分割。说明：第一列为物种名称，第一行为样本的名称，其他的为对应样本的物种丰度，表格用制表格分割。
pheatmap绘制热力图
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pheatmap包下载时rlang包版本需更新的问题解决及rlang包重新安装错误解决
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通常，热图是对所获得的数据或其他因素进行归一化处理后，用颜色的变化来直观表示不同样本间的变化情况。本质上其是由一个个用预设颜色表示数值大小的小方格组成的数据矩阵，并通过对因子或样本的聚类，观察不同样品数据间的相似性。常用的绘图软件：origin，excel，Tbtools，GraphPadPrismR语言绘制聚类热图的R包：pheatmap，heatmap，corrplot，complexHeatmap 其中，pheatmap是R语言中使用最广泛的用于绘制聚类热图的绘图包。使用该绘图包可以帮助我
Pheatmap做热图数据处理过程
leianuo123的博客
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对于使用R语言绘制热图，可以使用`pheatmap`包。下面是一个简单的示例代码： ```R # 安装和加载pheatmap包 install.packages("pheatmap") library(pheatmap) # 创建一个示例数据集 data <- matrix(runif(100), nrow = 10, ncol = 10) # 绘制热图 pheatmap(data, color = colorRampPalette(c("blue", "white", "red"))(50)) ``` 在这个示例中，我们首先安装并加载了`pheatmap`包。然后，我们创建了一个大小为10x10的随机数据矩阵。最后，我们使用`pheatmap`函数绘制热图，并指定了颜色方案为蓝色到白色到红色的渐变。你可以根据你的具体需求调整颜色和其他参数。 希望这能帮助到你！如果还有其他问题，请随时提问。
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