用FSL进行VBM统计分析

先记录一下，有空再补全截图巴拉巴拉的。

总体步骤概览

#转方向
fslreorient2std co*.nii.gz

#准备template_list
ls -1 *nii.gz >>template_list
slicesdir `imglob*`
fslvbm_1_bet -N -f 0.3 -B
fslvbm_2_template -n 
fslvbm_3_proc

randomise -i GM_mod_merg_s3.nii.gz -o fslvbm -m GM_mask.nii.gz -d design.mat -t design.con -n 5000 -T

1.准备数据

1.1 T1数据格式

(1)转格式，转成.nii
(2)方向调整
(3)所有T1数据放到同一个目录下面

1.2 Template_list

template_list：确定哪些被试用来做计算模板

查看数据

2.剥头皮：fslvbm_1_bet

• fslvbm_1_bet -b 用默认设置
• fslvbm_1_bet -N 去掉脖子后再剥头皮

#-f 0.3 表示剥掉几毫米的头皮，数值越大，剥头皮越厉害，可以参考一下别人的文献设置
fslvbm_1_bet -N -f 0.3 -B

3.数据分割+生成模板&