Conda安装与使用

[转载] Nature Method：Bioconda解决生物软件安装的烦恼

Bioconda简介

生信科学家近两年都在用Bioconda，Bioconda于今年6月2号正式发表于Nature Methods(IF=26.9)。Bioconda是生物软件库，可以利用Conda快速安装绝大多数生物学软件。Bioconda主页：https://bioconda.github.io/
想使用Bioconda，需要先安装Conda。

软件管理器conda

Conda是目前最方便的软件管理器，可以一键安装大多数生物学软件。常用的发行版有Anaconda，和miniconda两种。一个非常大，一个很小。而且每个版本都有Python2和Python3的版本，这里选择python2的版本，对目前大多数软件兼容更好。
本教程~/bin默认为自己的环境变量目录。下面Anaconda和Miniconda任选其一即可，这里推荐Miniconda更小巧。

Anaconda安装

https://www.anaconda.com 下载Linux python2.7 5.1

wget -c https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda2-5.2.0-Linux-x86_64.sh &
bash Anaconda2-5.2.0-Linux-x86_64.sh

Minicona安装

可选miniconda https://conda.io/miniconda.html

wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh

按提示Enter回车、输入yes同意许可协议、默认安装目录为~/miniconda2回车即可；安装结束后提示添加环境变量，一般选no，否则可能会破坏你之前安装的软件依赖关系。如果你是新用户，没什么软件可破坏的，请选yes添加以后使用更方便。

如上面选择no，以后想使用conda，还要执行下面一句话临时添加conda为环境变量

export PATH=~/miniconda2/bin:$PATH

Codna配置

主要是添加bioconda频道，方便生物软件安装。添加清华的一系列镜像，加速下载，提高成功率。默认仓库不仅速度极慢，而且经常中断，国内镜像下载速度可达国外几百倍。

conda config --add channels defaults
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels bioconda
#添加清华镜像加速下载
site=https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda
conda config --add channels ${site}/pkgs/free/
conda config --add channels ${site}/pkgs/main/
conda config --add channels ${site}/cloud/conda-forge/
conda config --add channels ${site}/pkgs/r/
conda config --add channels ${site}/cloud/bioconda/
conda config --add channels ${site}/cloud/msys2/
conda config --add channels ${site}/cloud/menpo/
conda config --add channels ${site}/cloud/pytorch/

Conda安装软件

conda install bowtie2

conda安装宏基因组领域软件

宏基因组质控流程

conda install kneaddata

humann2有参物种功能定量流程

conda install humann2

grahplan树图

conda install graphlan
conda install export2graphlan

指定虚拟环境、python版本和软件版本安装

有时为了之前安装的软件依赖关系不被影响，或默认安装时无法满足依赖关系时，就需要新建虚拟环境，并指定版本来安装。以kneaddata为例，这是一个质控、去宿主和流程依赖很多。如果你原来是Python3，则需要虚拟环境中安装Python2.7才能运行成功。

conda create -n kneaddata kneaddata=0.6.1 python=2.7

激活工作环境:

source activate kneaddata

关闭环境:

source deactivate

查看己安装软件的版本和依赖关系

conda list -n kneaddata
显示软件安装位置、依赖关系、版本和下载地址。

Reference

Grüning, B., et al. (2018). “Bioconda: sustainable and comprehensive software distribution for the life sciences.” Nature Methods 15(7): 475-476. https://doi.org/10.1038/s41592-018-0046-7
生信软件的好帮手-bioconda https://mp.weixin.qq.com/s/nK1Kkf9lfZStoX25Y7SzHQ
生信分析平台搭建（七）：bioconda https://mp.weixin.qq.com/s/ng8oNU81UQ6FtBqkyMGV5A