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RSS订阅原创 Spateo基于SSDNA圈细胞操作指南
Spateo 提供了创新性方法来使用细胞核染色图像或 RNA 信号来实现单细胞分割。当使用高分辨率空间转录组学分析时，例如 BGI 的 Stereo-seq，每个细胞都被许多像素格捕获（对于 Stereo-seq，大约 400 个）。这使我们能够从相邻的像素格聚合 UMI 以执行单细胞分割，最终产生细胞 x 基因的RNA表达矩阵，就像单细胞 RNA-seq (scRNA-seq) 分析一样。...
2022-08-04 16:12:27
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原创 Linux下conda环境安装指定版本GCC编译器编译phylocom-4.2软件记录
Linux下conda环境配置不同的版本GCC编译器套件，gcc编译器版本问题导致的-fno-plt参数异常解决，gcc库缺失问题"cannot find -lgcc_s"解决。
2022-07-20 22:05:30
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原创 ggplot-geom_point 散点图添加聚类标签
本篇分享在ggplot的散点聚类图中，为每个类群添加标签Label的方法，方法通过kmeans方法计算每个簇的中心，给每个簇的中心点添加Class_label实现每个簇的标签标记。
2022-07-07 18:19:39
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原创 R语言-data.table包用来加速大型数据集的加载和运算
R语言data.table包是自带包data.frame的升级版，用于数据框格式数据的处理，最大的特点是快。它内部处理的步骤进行了程序上的优化，使用多线程，还有很多C编写的函数，大大加快数据运行速度。尤其当对一两百万甚至更大数据集进行修改或运算时，由于data.table直接对数据本身做运算，不创建副本，因此相较于基本的data.frame格式，data.table在面对大型数据集时，进行聚合排序以及分组运算的性能非常高 ！............
2022-07-07 00:48:49
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原创 Linux 下用R语言打开hdf5(.h5)文件异常的解决方案
Error in H5File.open(filename, mode, file_create_pl, file_access_pl) :
2022-07-01 22:18:08
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原创 差异基因通路富集分析的统计学假设
单细胞转录谱可以根据基因表达水平进行差异分析，通过差异分析，我们可以知道不同分群之间是否存在差异，以及存在显著表达量差异的基因集(DEG,在单细胞Seurat分析流程中，通过Seurat::FindAllMarkers()方法计算得到簇间的过表达差异基因)。进一步，探究这些DEG是由哪些生物学过程介导的，我们的实验处理影响了哪些生物学过程。理解这些DEG所代表的生物学意义的最佳途径就是基因富集分析(Gene Set Enrichment Analysis, GSEA)。...
2022-06-29 21:39:05
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原创 R语言-超大型数据框与稀疏矩阵的切片-处理as.matrix方法的“problem too large”异常
R语言-超大型数据框与稀疏矩阵的切片-处理as.matrix方法的“problem too large”异常
2022-06-27 18:41:17
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原创 dplyr-as.numeric保留行名转换数据框(矩阵)的所有字符型列向量为数值型
dplyr-as.numeric保留行名转换数据框(矩阵)的所有字符型列向量为数值型
2022-06-26 13:14:06
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原创 plyr::ldply-列表[list]转换数据框[data.frame]
plyr::ldply-列表[list]转换数据框[data.frame]
2022-06-25 15:29:54
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原创 R语言-聚合合并(aggregate)存在重名且维度不相同的N个数据框-两种实现方法
在单细胞转录组学数据分析中，我们经常需要对表达谱进行拟细胞或拟基因方向的分析，这些分析涉及到对表达矩阵的聚合汇总处理，同时还需要兼顾快速处理这些大型数据集。本文分享两种方法，实现对存在同名的行和同名的列，且维度不等的多个数据表进行快速聚合合并...
2022-06-23 23:58:44
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原创 R语言rhdf5读写hdf5文件(.h5)展示文件组织结构和数据索引
在一些单细胞文献中，作者通常会将分析的数据上传到GEO数据库保存为.h5格式文件，而不是我们常见的工程文件(rds文件，表格数据等)，为了解析利用这些数据需要对hdf5格式的组织结构有一定的了解。...
2022-06-23 00:13:24
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原创 Seurat::DotPlot绘图美化-facet方法添加X轴注释标签
R语言ggplot2气泡图美化样式-facet方法添加X轴注释标签,以及添加聚类树的实现方法记录
2022-06-18 00:21:37
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原创 R语言-稀疏矩阵对象格式学习-重点理解稀疏矩阵对象的重构
在单细胞领域，稀疏矩阵对于处理 scRNA-seq 表达谱数据是非常必要的，构建分析对象的时候它们消耗更低的内存。本文重点介绍 R语言 稀疏矩阵对象格式，稀疏矩阵的重构， 稀疏矩阵与稠密矩阵的相互转换。...
2022-06-18 00:05:16
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原创 python和R写出表达矩阵为稀疏矩阵matrix.mtx.gz的方法
R语言和python两种方法转换表达矩阵的密集矩阵形式为稀疏矩阵，并写出matrix.mtx.gz压缩文件
2022-06-16 23:38:39
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原创 ggplot-RNA文库reads比对情况-饼图[pie chart]展示
批量绘制每个RNA文库reads比对情况的饼图；包括数据预处理 、图样式代码 + 批量出图apply循环
2022-06-16 23:28:52
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原创 ComplexHeatmap热图样式分享-样本簇树聚类和基因表达量统计注释展示
本文重点介绍如何用```ComplexHeatmap::Heatmap```的方法在热图上展示全样本的基因表达量情况的同时，在样本组水平上展示簇间的聚类关系（因为如果样本太多，则展示样本间的聚类关系将变得非常不直观）。...
2022-06-16 23:26:13
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R语言软件包 SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37
2023-11-14
spateo 离线安装包
2022-07-29
空空如也
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