R语言-超大型数据框与稀疏矩阵的切片-处理as.matrix方法的“problem too large”异常

最新推荐文章于 2024-07-09 10:40:06 发布
最新推荐文章于 2024-07-09 10:40:06 发布
阅读量782 收藏 1
点赞数 1
分类专栏： R语言-数据预处理 文章标签： r语言 矩阵
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/nh_code/article/details/125489613
版权
这篇博客探讨了在R语言中处理超大型数据框和稀疏矩阵时遇到的'problem too large'异常。通过分块处理数据，可以有效地避免内存溢出问题。文章介绍了如何将超大型稀疏矩阵转换为数据框，反之亦然，并提供了相应的分块写入数据框的方法。
摘要由CSDN通过智能技术生成

单细胞组学数据分析接触到的项目大都使用平面文件(rds,txt,tsv,csv,mtx)进行数据存储。有时候，我们会操作相当大的平面文件，而超大型的数据集如（一个包含约 100 万个细胞和约 3 万个基因的表达矩阵）在进行数据类型转换等处理的时候会遇到异常Error in asMethod(object) : Cholmod error ‘problem too large’，指的是其中 as.matrix()转换常规矩阵，导致内存溢出。这个问题意味着处理数据的维度超过as.matrix()方法支持的最大矩阵维度 ( 2147483647 ( 2 31 − 1 ) ) (2147483647 (2^{31}-1)) (2

最低0.47元/天 解锁文章
倪桦
关注
专栏目录
R语言使用as.data.frame函数将矩阵数据转化为dataframe数据（matrix to dataframe）
statistics+insight+vista+power
03-11 7430
R语言使用as.data.frame函数将矩阵数据转化为dataframe数据（matrix to dataframe）
解决RStudio中"plot.new() : figure margins too large"问题
薛秋艳的博客
06-03 2476
在RStudio中使用plot()函数进行画图时，常出现“plot.new() : figure margins too large”问题。 　　出现该问题的原因是，RStudio里的【Plots】窗口太小，可以适当调大一点，或者把RStudio设置为全屏。解决步骤如下。
基于R语言Rcpp包解决单细胞数据过大无法转换为Matrix的问题（附AUCell的简单使用）
m0_47675572的博客
08-26 1067
解决单细胞数据过大无法转换为Matrix的问题
R语言学习笔记4-数据结构-矩阵
最新发布
weixin_42333247的博客
07-09 669
R语言中的矩阵（matrix）是一种二维的数据结构，其中所有的元素必须是同一种数据类型（通常是数值型或字符型），特别适合存储和处理二维数据。
自己编程矩阵乘法中遇到的问题 python
qq_42987423的博客
04-24 347
TypeError: data type not understood 在构造矩阵的时候呈现上面的问题，主要是 a = np.ones((x+1,y+1)) 错误的用法是 a = np.ones(x+1,y+1) import numpy as np x,y = map(int,input().split())#实现了在控制台输入的功能 a = np.ones((x+1,y+1)) pri...
在UMAP图上标识我们感兴趣的基因所在的类群（单细胞数据）
weixin_40640700的博客
07-22 9728
参考链接： https://www.jianshu.com/p/37d2e8d68c91 我们这个代码要解决的需求，就是将我们从GEO数据库中下载的表达矩阵（.csv文件）使用seurat这个包进行处理。期望的目标是绘制出UMAP图，将我们感兴趣的基因标记在上面。 （1）目前，我对于seurat这个包的认识几乎为零。相当于是从头开始学。 （2）另一方面，我们所使用的这个处理矩阵的处理方式是相对比较模糊的。 这是我遇到的两个难题，我相信我每次都具有化险为夷的能力，我相信自己可以接下去克服难关。我希望我的.
行业分类-设备装置-基于稀疏非负矩阵分解的图像检索方法.zip
09-08
设备装置-基于稀疏非负矩阵分解的图像检索方法”表明了这个压缩包内容涉及的是一个具体的技术应用，该技术应用于设备装置行业，且与图像检索有关，采用的核心算法是稀疏非负矩阵分解（Sparse Non-negative Matrix ...
行业分类-设备装置-基于稀疏受限非负矩阵分解算法的超滤膜水处理预测方法.zip
08-31
综上所述，基于稀疏受限非负矩阵分解的超滤膜水处理预测方法是一种利用数据驱动的先进工具，能够深入理解复杂系统的动态行为，为优化设备操作、提升水处理效率提供了有力的支持。该技术在环保、能源、化工等多个行业...
Python 稀疏矩阵-sparse 存储和转换
09-21
在科学计算、机器学习以及数据分析等领域，我们经常会遇到大型矩阵，其中大部分元素为零，这类矩阵被称为**稀疏矩阵**。如果直接使用Python标准库如NumPy来处理这类矩阵，则会面临巨大的内存消耗问题。因此，为了...
R语言的稀疏矩阵太大可能就不能用as.matrix了
xuzhougeng blog
08-17 1万+
一个很大的矩阵， 320127 行, 8189列，假如用一个全为0的普通矩阵来存储，需要用到9.8Gb cols <- 8189 rows <- 320127 mat <- matrix(data = 0, nrow=320127, ncol = 8189) print(object.size(mat), unit="GB") # 19.5 Gb mat &lt...
给你的R语言再次提速
医学和生信笔记的博客
08-08 819
包的作者是一位人类遗传学的博士生，需要处理的数据都是量级非常大的，但是作者非常喜欢用R语言，众所周知，R语言很慢！所以作者才开发了这个包解决自己的实际需求！R包bigstatsr提供了大规模矩阵数据进行快速统计分析的函数。主要是使用了FBM（filebacked big matrices）和内存映射（memory-mapping）技术。不光是生物信息学的数据，其他的类似数据都可以使用这个包进行处理哦！注意：此包的多数算法都不能处理缺失值！...
R语言分析单细胞数据Day1——下载Seurat包并进行预处理（一）
热门推荐
生信小白一枚，欢迎大佬一起讨论分析前沿技术！
01-20 1万+
Task.1 安装Seurat，准备处理single cell data 安装Seurat时，只能安装3.2.3以下的版本，太高就不兼容！ install.packages('remotes') %安装过可以省略 remotes:: install_version("Seurat", version = "3.2.3") % 安装不上可以更新R版本或者安装附属包 Task.2 加载Seurat包并导入数据 library(Seurat) % 这里可以设置你的路径，三个文件（mtx数据、行名和列名）都需要
错误提示：‘DATA‘: SEGMENT TOO LARGE
彭宏喜的博客
06-11 2960
错误提示： ‘DATA’: SEGMENT TOO LARGE 解决方法：如图所示 原因分析： “Keil Cx51编译器提供三条编译模式控制命令：SMALL,COMPACT,LARGE，它们会对变量存储器空间产生影响。 SMALL 所有变量都被定义在8051单片机的片内RAM中，对这种变量的访问速度最快。另外，堆栈也必须位于片内RAM中，而堆栈的长度是很重要的，实际栈长取决与不同函数的嵌套深度。采用SMALL编译模式与定义变量时指定data存储器类型具有相同效果。 COMPACT 所有
数据分析----数据清洗和准备
AIHUBEI的博客
05-01 1127
Data Cleaning and Preparation 数据清洗和准备 修改之后，增加代码，注释 xiaoyao # 导入package import numpy as np import pandas as pd # 设置数据显示行数 PREVIOUS_MAX_ROWS = pd.options.display.max_rows pd.options.display.max_rows = 2...
[R语言]关联规则2---考虑items之间严格的时序关系
weixin_30462049的博客
04-26 479
前面介绍了关联规则1---不考虑用户购买的items之间的时序关系，但在一些情况下用户购买item是有严格的次序关系了，比如在某些休闲游戏中，用户购买了道具A才能购买道具B，且道具A和B只能购买一次，也就是说购买了道具A是购买道具B的充分条件，如果购买道具A的用户通常会购买道具A，在不考虑时序关系的时候，会得出“BàA”这样的关联规则，这会给运营的同事这样的结论：“购买了道具B的用户也非常有可能会...
数据太大的时候，R语言如何读取？
weixin_46500027的博客
04-16 1万+
一般我喜欢把文件储存成csv格式，然后用read.csv读取文件。 也有的人习惯储存数据为txt格式，然后用read.table读取文件。 但是当数据太大的时候，read.csv和read.table似乎就不适用了。 首先读取慢，而且读到最后会读一个寂寞。 比如下面这个文件： 有三个多G，用read.csv读取的时候，会发生什么状况呢？ setwd("D:\\") dir() data <- read.table("GSE149614_HCC.scRNAseq.S7191...
mat 和asmatrix的区别_R语言的稀疏矩阵太大可能就不能用as.matrix了
weixin_42478292的博客
01-27 1228
一个很大的矩阵， 320127 行, 8189列，假如用一个全为0的普通矩阵来存储，需要用到9.8Gbcols rows mat print(object.size(mat), unit="GB")# 19.5 Gbmat print(object.size(mat), unit="GB")# 9.8 Gb这里的0其实也要区分这里的0L表示数据类型是integer，默认是numeric. 这两者...
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包

打赏作者

倪桦

有帮助的话请杯咖啡吧，谢谢！

¥1 ¥2 ¥4 ¥6 ¥10 ¥20
扫码支付：¥1
获取中
扫码支付

您的余额不足，请更换扫码支付或充值

打赏作者

实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值