GBD数据库相关文献中的EAPC怎么算?

本文介绍了如何使用GBD数据库进行疾病趋势分析,重点讲解了如何计算Estimated annual percentage change (EAPC),并建议使用R语言进行数据整理和分析,引用了相关文献和资源。

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发现近年来好多人利用GBD数据库发了很多文章。
GBD数据库(http://ghdx.healthdata.org/gbdresults-tool)中关于疾病的发生率、死亡率、DALY等数据都是现成的,所以主要的工作量包括:

  1. 下载数据并整理成表格:用R比较方便,用Excel也行;
  2. 数据的可视化(画图):用R的ggplot包比较方便,推荐参考书籍:
    Winston Chang. R数据可视化手册(异步图书)人民邮电出版社
  3. 相关变化趋势的计算:常用方法的是Estimated annual percentage change (EAPC),其原理推荐参考文献:
    Hankey BF, et al. Partitioning linear trends in age-adjusted rates. Cancer Causes Control CCC 2000; 11(1):31-5.
  4. 变化趋势的预测:见我的另一篇博文 《利用GBD数据库做未来疾病负担预测》

下面要讲的是EAPC的计算:

1. 数据的整理

以某病的年龄标准化发病率(ASIR)为例:

rm(list = ls())
library(data.table) #个人习惯,喜欢用这个包
library(tidyverse) #个人习惯,为了用管道符

years <- fread('I:/years_locations.csv')
regions_years_ASIR <- years[measure_name == 'Incidence' &  #发病率
                           age_name == 'Age-standardized' &  #年龄标准化的
                           metric_name == 'Rate' & #率(每10万人)
                           location_id 
### GBD 数据库介绍 GBD 文件地理数据库是一种用于存储空间数据和属性数据的容器,支持复杂的数据结构以及丰富的地理处理功能。为了访问这种类型的地理数据库中的要素类和其他对象,通常依赖于特定驱动器的支持[^1]。 ### 使用方法 对于想要读取或写入 GDB 文件的操作而言,GDAL 提供了解析该种格式的能力。具体来说: - **安装必要的驱动**:确保已经安装了 FileGDB 或 OpenFileGDB 驱动来实现对 GDB 的读取能力。 - **加载并操作数据集**:通过 GDAL 库可以轻松打开 .gdb 文件夹形式存在的地理数据库,并对其进行查询、遍历等基本操作。 ```python from osgeo import ogr, gdal # 注册所有可用驱动 gdal.AllRegister() driver = ogr.GetDriverByName('OpenFileGDB') # 或者 'FileGDB' dataSource = driver.Open("path_to_your_gdb_file.gdb", 0) if dataSource is None: print("无法打开指定路径下的 GDB 文件") else: layerNames = [layer.GetName() for layer in dataSource] print(f"GDB 中包含图层: {', '.join(layerNames)}") ``` 上述代码展示了如何利用 Python 和 GDAL/ogr 打开一个 GDB 文件,并打印其中所含有的各个图层名称。 ### 应用场景 GBD 数据库广泛应用于 GIS( Geographic Information System 地理信息系统)领域内各种项目当中,比如城市规划、环境保护监测、资源管理等方面。由于其能够高效地管理和分析大规模的空间数据集合,在涉及到多维度时空数据分析的任务里表现尤为出色。 #### 特定案例展示 假设有一个名为 `city_planning` 的 GBD 文件地理数据库包含了多个关于某座城市的基础设施建设情况的相关信息表单(如道路网路分布、公共设施位置)。借助 GDAL 工具包提供的接口函数,开发者们便可以在不改变原有数据格式的前提下完成对该组数据的各种定制化需求处理工作,例如提取某些特定区域内的兴趣点列表或将不同来源的地图资料融合在一起形成新的专题地图产品。
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