【文献分享】viewSq 程序 ：可视化分子动力学（VMD）模块 + 分析 X 射线和中子结构因子

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分享一个可视化分子动力学（VMD）模块，用于通过原子模拟计算，分析和可视化 X 射线和中子结构因子的程序：viewSq。

感谢论文的原作者！

关键词：

1. Molecular dynamics

2. Fourier transform

3. Structure factor calculation

4. Partial structure factor calculation

5. LAMMPS

6. VMD

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主要内容

“viewSq是一个可视化分子动力学（VMD）模块，用于计算结构因子和用户选择的任何原子选择的部分结构因子源自计算机仿真轨迹，以及量化，分析和可视化对它们的原子贡献。viewSq提供径向分布函数， 具有和不具有X射线原子形状因数或中子散射长度，部分径向分布函数。此外，viewSq绘图是距离的函数用于变换的傅立叶变换求和，可以了解原子中心周围特定于原子的距离，以及它们的各种正面和负面成分。viewSq还将按原子对原子的贡献进行排名以及正负分量，并使用VMD交互式地可视化这些原子。另一个功能是对用户选择的中心原子的截止距离内的原子执行相同的排名，从而使原子彼此之间做出的基本贡献得以量化并进行交互可视化。可以对用户选择的任何波数范围进行分析（q）用于单个结构或小型结构集合。viewSq的功能通过使用一盒水的MD模拟中的单个帧来说明。”——取自文章摘要。

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Figure 1

Figure 2

Figure 3

Figure 4

Figure 5

Figure 6

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