MDplot：强大且免费的分子动力学模拟数据后处理神器，让您的数据分析效率直接起飞

在材料科学、生物学和化学等领域中，分子动力学（MD）模拟已经成为了洞察分子间相互作用和动态行为的关键技术。MD模拟技术的发展带来了数据量的激增，这不仅对计算资源提出了更高的要求，也对数据分析提出了更大的挑战。特别是在处理复杂的文件格式和需要生成大量图表的情况下，数据可视化尤为繁琐。因此，有效地管理、处理和可视化这些庞大的数据集成为了科学研究中的一个重大挑战

1.简介

为了解决这一问题，MDplot应运而生。这是一个基于R语言开发的软件包，专门用于自动化分子动力学模拟数据的可视化这一过程。MDplot支持多种文件格式，包括GROMOS、GROMACS和AMBER。

上图是mdplot分子动力学模拟后处理业务流程所处的位置，与常见”红色箭头“分子动力学模拟数据后处理流程不同（该流程通常需要手动编写大量的代码做数据处理或者手动操作绘图软件才能绘制出高质量的图表），它的主要优势在于能够简化和自动化复杂的数据分析流程，避免重复任务，并快速呈现高质量的结果（可直接用于论文或演示报告中），从而使科研人员可以更加专注于结果的解释而非数据处理。

2.核心功能

MDplot的核心功能在于其丰富的绘图函数，能够处理和展示多种分子动力学模拟数据。支持GROMOS、GROMACS和AMBER等主流模拟软件的文件格式，这使得不同研究背景的科研人员都能便利地利用MDplot进行分析工作。此外，MDplot的绘图和数据解析功能是分开的，这种设计不仅提高了灵活性，也使得数据操作和额外文件格式的集成变得容易，从而增强了其适用性和扩展性。

MDplot还提供了批处理脚本的接口，特别是通过一个Bash接口，允许用户将MDplot简单嵌入到Bash脚本中，作为数据分析流程的最终步骤。这一功能使得MDplot可以轻松地集成到自动化的数据处理流程中，极大地提高了处理效率和便利性。

关键的绘图函数不仅限于标准分析，还包括更专业的功能，为科研人员提供了全面的数据可视化工具，这些功能包括但不限于：

(1).聚类分析

(1.1).聚类条形图

(1.2).聚类时间序列图

(2).蛋白质二级结构分析

(2.1).DSSP图

(2.2).DSSP时间序列图

(3).氢键分析

(3.1).氢键摘要图

(3.2).氢键形成和断裂的时间序列图

(4).NOE分析

核奥弗豪泽效应（nuclear Overhauser effect，简称NOE）分析

(5).拉氏图

(5.1).二维拉氏图

(5.2).三维拉氏图

(6).RMSD分析

(6.1).RMSD图：

可同时绘制多条RMSD曲线

(6.2).RMSD平均图：

含给定时间内，每一个时间点上含RMSD最大值，平均值，最小值

(7).RMSF分析

(8).TI（热力学积分）结果分析

(9).xrmsd

(9).含时性质分析

绘制一个(或多个)时间序列图,如下：这里还有很多，仅列举以下两个

3.安装和获取

MDplot可以通过两种主要方式安装：通过CRAN（The Comprehensive R Archive Network）或者从GitHub上的项目页面获取最新版本

这里推荐通过CRAN。

3.1.通过CARN安装（以windows为例）

在windows系统，想要方便的安装和使用mdplot需要安装以下基础工具：

• **R语言包：**mdplot的包的运行环境，R语言包版本R-4.4.0（推荐）。
• git bash 命令行工具：bash脚本执行环境，方便在windows系统中使用bash脚执行mdplot的绘图功能（mac和linux系统无需安装）。

1.git bash 命令行工具是可选安装的，熟悉R语言的朋友可以写R脚本直接调用mdplot中的功能，而无需安装git bash 。

2.这里我个人习惯在bash环境下工作，所以后续mdplot的安装和使用案例，将都以bash脚本为主。

3.PS:如果由于网络原因导致，以上两个安装包下载缓慢或下载不了，可以在公众号回复”mdplot“获取安装步骤中的所有的软件包，更多详细的使用教程和示例分析脚本的打包文件。文件包内容见步骤3.2节：安装工具和mdplo文档获取

步骤1：安装R语言包

(1).进入R语言官网：https://cran.r-project.org/

(2) 选择base