VMD 可视化Amber top和crd文件

VMD 可视化Amber top和crd文件

第一步， 打开VMD软件

第二步骤 加载top文件


显示如下： top文件只有原子信息，没有坐标信息，因此显示框还是黑的

第三步 加载crd 坐标文件,
注意：crd轨迹一定时文本文件，二进制文件VMD不能识别

下面时crd文件不带盒子坐标

或者 crd文件带盒子坐标的数据

第四步 结构表示，

去除水

结果显示如下：

显示二级结构

显示结果如下：

二级结构没有配体，我们需要选出来

显示序列信息

结果如下：

下面窗口自动添加

我们可以修改样式

VMD看动态轨迹

背景灯光

笛卡尔坐标操作

改背景颜色

蛋白平移
在显示框中按下键T，光标就可以移动了，如下图所示，按键（英文模式）R恢复

显示盒子

显示两个残基的距离
键盘按下数字2, 分别左键点击两个残基，然后再按下数字2

删除的话，重复再选一次，就删除了。
按键盘1，原子标签就没有了

角度
按一下数字3，点击选中三个原子，

二面角
按一下数字4，点击选中四个原子，

删除 距离 角度 二面的操作

做动画视频


生成的是一堆的图片，需要自己使用其他软件生成视频或者gif图片，这里不细讲。

注意： 为了使蛋白有旋转效果，请先点击下面播放按键，使可视化窗口也在动
如下：