做Bowtie2可视化时候学到的一些

一开学老师让跟着师兄做Mapping工具集成可视化开发，刚开始做了一点，以后可能不会做了，又是半途而废。

学到的小知识：

1. Java Runtime

用Runtime调用perl或Python脚本。

以Perl为例：

Process p=Runtime.getRuntime().exec("perl "+cmd);

cmd为perl脚本中的命令及命令参数。例： cmd="home/np/bowtie2/bowtie2 -x /home/np/75bp/index -U /home/np/75bp/10000.fq -S /home/np/75np/out.sam";

String statestr=this.cmd.substring(0,