Hisat2 Bowtie2比对结果解读

最新推荐文章于 2024-10-12 10:20:11 发布

hs6605015

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本文链接：https://blog.csdn.net/hs6605015/article/details/110847429

版权

Bowtie的中文意思是：领结，蝴蝶结

在这里插入图片描述

Bowtie2用户手册：

http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/manual.shtml

在看比对结果前需要了解三个概念：

1.Aligned concordantly 合理比对

在这里插入图片描述

主要和比对参数：–fr/–rf/–ff 有关，默认是：–fr
在参数–fr下：前两种比对就是合理比对，也即：concordantly，后两种比对会成为不合理比对，也即：aligned discordantly，如果两个reads距离太远也会成为不合理比对。

2.Multiple alignments 多重比对

定义：一对reads/一个pair比对上genome的多个位置，也即：aligned >1 times 或是 aligned concordantly >1 times，这对reads/这个pair就会成为多重比对。相对应的就是 unique比对，也即：aligned exactly 1 time 或是：aligned concordantly exactly 1 time。

这里 bowtie2的默认参数是：
Default mode: search for multiple alignments, report the best one, 也即是：多重比对，只取最好的那个alignment。

3.Bowtie2在双端比对下：

如果一对reads/一个pair没有比对上任何地方，也即 aligned concordantly 0 times，那么就将这个pair拆分成两个single-end reads来进行比对。

双端比对：

For datasets consisting of pairs, the summary might look like this:

10000 reads; of these:

  10000 (100.00%) were paired; of these:

    650 (6.50%) aligned concordantly 0 times

    8823 (88.23%) aligned concordantly exactly 1 time

    527 (5.27%) aligned concordantly >1 times

    ----

    650 pairs aligned concordantly 0 times; of these:

      34 (5.23%) aligned discordantly 1 time

    ----

    616 pairs aligned 0 times concordantly or discordantly; of these:

      1232 mates make up the pairs; of these:

        660 (53.57%) aligned 0 times

        571 (46.35%) aligned exactly 1 time

        1 (0.08%) aligned >1 times

96.70% overall alignment rate

翻译下即：

检测到10000个pairs,也即20000条reads;

其中，

10000个pairs都是paired也即双端数据；

    其中，

        650个pairs没有合理比对上；

        8823个pairs只合理比对上一次；

        527个pairs合理比对多于一次；

    在650个pairs没有合理比对上的pairs中：

        34个pairs可以不合理比对上一次；

    剩下的616个pairs，也即1232条reads中：

        660条reads没有比对上；

        571条reads可以比对上一次；

        1条read比对多于1次

总共的比对率是：(88232+5272+34*2+571+1)/20000=96.7%