基于分子模拟对植物性抑菌剂抑制耐药菌的研究

摘要：本文主要研究耐药菌的植物性抑菌剂。通过DS中的药效团的方法，结合CDOCKER，对植物数据库（TIP）进行筛选，得到了三种新的植物性抑菌剂，可以作为抗菌和设计新的抗菌药的潜在分子。

药效团模型（Pharmacophore）：是指药物活性分子中对活性起着重要作用的“药效特征元素”及其空间排列形式，可以认为是大量活性化合物共同的成药特征。基于药效团模型，科研人员可以进行快速的药物虚拟筛选工作，寻找结构新颖的活性分子；也可以解释化合物的构效关系，进行化合物的结构优化与改造；此外，还可以进行化合物靶标的识别，实现反向找靶。Discovery Studio中的Catalyst模块，是经典的药效团模型生成、验证及虚拟筛选的工具，可以基于配体、受体以及复合物结构进行定量、定性的药效团模型研究。

分子对接（molecular docking）是基于结构药物设计的核心模拟手段，依据受体与配体作用时的几何匹配和能量匹配过程，模拟受体-配体相互作用，预测两者间最佳的结合模式和结合亲和力。采用分子对接模拟技术，科研人员可以进行基于结构的药物虚拟筛选，药物分子的结构改造，药靶相互作用的机理研究等工作，从而大大提高实验效率。在Discovery Studio这一分子模拟的综合平台中，共有四种对接程序，包含Libdock、CDOCKER、FlexibleDocking，这三种对接算法各有优势，能够满足广大科研工作者的多种应用需求，为其提供配体受体间相互识别的“利器”。

基于分子模拟对植物性抑菌剂抑制耐药菌的研究 

ref：J. Clin. Med. 2018, 7, 563；IF=5.583

链接：10.3390/jcm7120563

细菌感染是人类死亡的主要原因之一。造成这种情况的主要原因之一是微生物对现有抗生素产生耐药性的能力。多肽去甲酰基梅（PDFS）在微生物中广泛存在，研究表明PDFs可以作为研究新的抗菌药的靶标。植物源化合物在抗菌方面发挥着巨大的作用，同时因其安全性高的特点而得到广泛应用。本文通过DS中的药效团的方法，结合CDOCKER，对植物数据库（TIP）进行筛选，得到了三种新的植物性抑菌剂，可以作为抗菌和设计新的抗菌药的潜在分子。

图一 构建并选择的药效团模型，并跟最好和最差的分子的匹配情况。

 

 

图二对照分子，hit1，hit2和hit3与PDF的相互作用模式。

MaXFlow分子模拟与人工智能平台

MaXFlow生物医药智能创新平台，由创腾科技自主研发，旨为不同领域的一线创新科技工作者提供一个合作共享的B-S架构平台。以“数据自由，模型自由”为理念，在结构模型与预测模型进行融合的基础上，实现模拟与AI需求的合并，为研发赋能。

• 填补数据产生保存与数据使用赋能断层
• 打通空间结构模型与数据预测模型壁垒
• 合并经典模拟计算与新兴AI预测需求
• 降低背景知识储备与复杂软件使用门槛

通过便捷的网页端操作，可实现大、小分子模型的构建与优化，动力学模拟，分子对接，分子间相互作用展示。小分子药物方面，通过分子性质计算以及多种机器学习与深度学习的方法，在工作流中帮助用户实现数据的挖掘以及相关构效关系的搭建，同时可以通过一键部署的方式实现药代动力学及不同目的的AI预测与共享。对于大分子，基于流行AI模型的运用，更加准确的实现大分子间相互作用预测。多样的APPs为大分子药物研发提供可靠保障。