基于分子模拟筛选新的VEGFR-2抑制剂的研究

摘要：本文主要研究血管内皮生长因子受体-2的天然产物抑制剂。通过DS中的基于受体产生药效团的方法，结合CDOCKER，对天然产物数据库（NPBL）和天然产物类似物数据库（NPLL）进行筛选，得到了7种新的VEGFR-2的天然产物抑制剂。

药效团模型（Pharmacophore）：是指药物活性分子中对活性起着重要作用的“药效特征元素”及其空间排列形式，可以认为是大量活性化合物共同的成药特征。基于药效团模型，科研人员可以进行快速的药物虚拟筛选工作，寻找结构新颖的活性分子；也可以解释化合物的构效关系，进行化合物的结构优化与改造；此外，还可以进行化合物靶标的识别，实现反向找靶。Discovery Studio中的Catalyst模块，是经典的药效团模型生成、验证及虚拟筛选的工具，可以基于配体、受体以及复合物结构进行定量、定性的药效团模型研究。

分子对接（molecular docking）是基于结构药物设计的核心模拟手段，依据受体与配体作用时的几何匹配和能量匹配过程，模拟受体-配体相互作用，预测两者间最佳的结合模式和结合亲和力。采用分子对接模拟技术，科研人员可以进行基于结构的药物虚拟筛选，药物分子的结构改造，药靶相互作用的机理研究等工作，从而大大提高实验效率。在Discovery Studio这一分子模拟的综合平台中，共有四种对接程序，包含Libdock、CDOCKER、FlexibleDocking，这三种对接算法各有优势，能够满足广大科研工作者的多种应用需求，为其提供配体受体间相互识别的“利器”。

基于分子模拟筛选新的VEGFR-2抑制剂的研究 

ref：Cells 2019, 8, 269；IF=4.829

链接：doi:10.3390/cells8030269

血管生成被定义为新血管的形成，是许多癌症中表现出来的一种关键现象。血管内皮生长因子受体-2 (VEGFR-2)在肿瘤血管生成过程中起着关键作用，虽然FDA已经批准了很多VEGFR相关的药物，但是研究发现肿瘤细胞表现出很强的耐药性，这就迫切需要发现新的针对信号通路的抗血管生成抑制剂。天然产物在抗肿瘤方面发挥着越来越重要的作用，同时因其安全性高的特点而得到广泛应用。本文通过DS中的基于受体产生药效团的方法，结合CDOCKER，对天然产物数据库（NPBL）和天然产物类似物数据库（NPLL）进行筛选，得到了7种新的VEGFR-2的天然产物抑制剂。

 

图一 基于受体产生的药效团模型。

 

图二对照分子以及筛选出的分子与受体的相互作用模式。

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